Nhà Sinh Học Trẻ

Diễn Đàn của những Bạn Trẻ yêu thích Sinh Học
Hôm nay, Thứ năm 13/08/20 12:17 pm

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Nội quy chuyên mục


Không gởi bài xin tài liệu trong chuyên mục này (xem chuyên mục "Tài liệu theo yêu cầu")



Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 20 bài viết ]  Chuyển đến trang 1, 2  Trang kế tiếp
Người gửi Nội dung
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 05/08/05 11:15 am 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:56 pm
Bài viết: 109
Chào cả nhà,
Topic này này được mở để chúng ta thảo luận về các vấn đề đã, đang, và sẽ được các nhà tin sinh học (khắp nơi) đầu tư nghiên cứu và phát triển.

Mời các bác tham gia.
[group5] [act.]

_________________
Người nghĩ về gió bấc mưa giông
Về những cánh đồng quanh năm gối vụ


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 06/08/05 6:35 pm 
Ngoại tuyến
virus
virus

Ngày tham gia: Thứ sáu 25/03/05 4:51 pm
Bài viết: 16
Các anh chị phân biệt giúp sesame nhé :
_comparative genomics
_functional genomics
_systems biology
Mấy ngành này có liên quan thế nào với bioinformatics nhỉ ?


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 06/08/05 10:04 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ ba 22/02/05 9:48 pm
Bài viết: 233
:? cirl3 muốn hỏi là: Hiện nay vấn đề nào trong tin sinh học đang được quan tâm nhiều?


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Chủ nhật 07/08/05 5:04 am 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 4:07 am
Bài viết: 515
Đến từ: Chốn hư vô
sesame đã viết:
Các anh chị phân biệt giúp sesame nhé :
_comparative genomics
_functional genomics
_systems biology
Mấy ngành này có liên quan thế nào với bioinformatics nhỉ ?


Cảm ơn bạn đã có câu hỏi hay (đối vối tôi). Bạn thử đọc đoạn văn dưới đây xem

What is functional genomics?
Understanding the function of genes and other parts of the genome is known as functional genomics. The Human Genome Project was just the first step in understanding humans at the molecular level. Though the project is complete, many questions still remain unanswered, including the function of most of the estimated 30,000 human genes. Researchers also don't know the role of single nucleotide polymorphisms (SNPs) --single DNA base changes within the genome-- or the role of noncoding regions and repeats in the genome.

What is comparative genomics? How does it relate to functional genomics?
Comparative genomics is the analysis and comparison of genomes from different species. The purpose is to gain a better understanding of how species have evolved and to determine the function of genes and noncoding regions of the genome. Researchers have learned a great deal about the function of human genes by examining their counterparts in simpler model organisms such as the mouse. Genome researchers look at many different features when comparing genomes: sequence similarity, gene location, the length and number of coding regions (called exons) within genes, the amount of noncoding DNA in each genome, and highly conserved regions maintained in organisms as simple as bacteria and as complex as humans.

Comparative genomics involves the use of computer programs that can line up multiple genomes and look for regions of similarity among them. Some of these sequence-similarity tools are accessible to the public over the Internet. One of the most widely used is BLAST, which is available from the National Center for Biotechnology Information. BLAST is a set of programs designed to perform similarity searches on all available sequence data. For instructions on how to use BLAST, see the tutorial Sequence similarity searching using NCBI BLAST available through Gene Gateway, an online guide for learning about genes, proteins, and genetic disorders.

Tham khảo

_________________
Nếu quan tâm, xin mời bạn ghé qua:
http://www.khoahocthuysan.org


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ hai 08/08/05 9:12 am 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ tư 23/02/05 10:13 pm
Bài viết: 1427
Trích dẫn:
cirl3 muốn hỏi là: Hiện nay vấn đề nào trong tin sinh học đang được quan tâm nhiều?


Về tương lai của bioinformatics có nhiều ý kiến hầu như trái ngược nhau . Sau đây là 1 ý kiến gây nhiều tranh cãi . Mời mọi người cùng thảo luận .

Stein Gives Bioinformatics Ten Years to Live
by Daniel H. Steinberg

02/05/2003

Lincoln Stein's keynote at the O'Reilly Bioinformatics Technology Conference was provocatively titled "Bioinformatics: Gone in 2012." Despite the title, Stein is optimistic about the future for people doing bioinformatics. But he explained that "the field of bioinformatics will be gone by 2012. The field will be doing the same thing but it won't be considered a field." His address looked at what bioinformatics is and what its future
is likely to be in the context of other scientific disciplines. He also looked at career prospects for people doing bioinformatics and provided advice for those looking to enter the field.

What Is Bioinformatics: Take One
Stein, of the Cold Spring Harbor Laboratory, began his keynote by examining what is meant by bioinformatics. In the past such a talk would begin with a definition displayed from an authoritative dictionary. The modern approach is to appeal to an FAQ from an authoritative web site. Take a look at the FAQ at bioinformatics.org and you'll find several definitions. Stein summarized Fedj Tekaia of the Institut Pasteur--that
bioinformatics is DNA and protein analysis. Stein also summarized Richard Durbin of the Sanger Institute--that bioinformatics is managing data sets.
Stein's first pass at a definition of bioinformatics is that it is "Biologists using computers or the other way around." He followed by observing that whatever it is, it's growing. He showed the results of performing searches in published papers of the last 20 years for keywords in titles of abstracts. As a baseline, over the last two decades the use of "cell" has roughly doubled while the use of "genome" has gone up by a factor of 10 from 1,000 papers per year to 10,000 papers per year. There were essentially no occurrences of bioinformatics" before 1992. Since then it has grown to three orders of magnitude up to its current rate of 1,000 papers per year.

Is Bioinformatics Really a Field?
The field has meetings, journals, and books. The problem, according to Stein, is that it is a tool and not a scientific discipline. Tools get absorbed into the greater disciplines. There are examples of disciplines defined by a problem domain contrasted with services defined by tools. Robust scientific disciplines are often defined by a problem domain. For example, a development biologist studies the development of multicellular organisms using what ever tools are at hand. They aren't defined by the tools they use. A pharmacologist studies the interactions of chemicals with physiological properties. Similarly, physicists aren't defined by their tools; they study the nature of matter and energy. On the other hand, services are defined by tools and they are often time-limited. For example, a microscopist knows how to use microscopes. Now that a microscope is a ubiquitous tool you won't find many specialists in this area. While a pharmacologist has a problem domain, a pharmacist knows how to compound medicines and fill out regulatory paperwork. There are fields that cross over. Stein offered molecular biology as an example of a scientific discipline that has transitioned to a service.

What Is Bioinformatics: Take Two
One of Stein's tests for a discipline is the "Department Of" test. Take your favorite field or service and prepend it with your favorite institution's name, followed by "Department of". For example, he is quite happy with the phrase "the Harvard Department of Genetics." On the other hand, a "Department of Microscopy" seems to him to fit better at an Institute of Technology. He said that for him, a Department of Bioinformatics has
the same feel and he doesn't predict the establishment of bioinformatics departments.
Stein returned to the question, what is bioinformatics? In light of his thoughts on services defined by tools and disciplines defined by problem, his answer was simple. Bioinformatics is just one way of studying biology. Whether you think of bioinformatics as High Throughput Biology, Integrative Biology, or Large Data Set Biology, fundamentally Stein argues that bioinformatics is biology.

Later an audience member asked Stein, "Is it strange when biologists never touch goosh: body parts, liquids.... Steins answer was, "No, they're studying life. Biologists like Ernest Mayer can sit in his office and look at other people's data and develop theories of selection. When people ask me, I say I'm a biologist."

Stein answered another question on whether biologists should be required to take introductory programming classes by saying, "Yes, the computer has become a central tool for biology like the microscope or the centrifuge. Being able to produce your own software for data analysis should be part of the undergraduate and graduate curriculum. In answer to a related question about computational biology, Stein answered that "it is algorithm development. It is a specialized discipline. I think it's a branch of CS."

How Do You Make It in Bioinformatics?
Two years ago there was a huge bubble in bioinformatics with students with BA's in biology who knew a little Perl or Java, or CS people with some biology getting offers for $50,000 to $60,000 per year for entry-level positions from pharmaceuticals and bio tech. More recently, the market has settled down. The 2002 New Scientist salary survey reports the median income for academic positions in bioinformatics is $75,000.
This is comparable to the numbers for clinical biologists and slightly better than the numbers for cell biologists.

Stein has some simple advice for how you make it in bioinformatics:

_Learn biology. Investigate the problem domain for bioinformatics.
_Pick a problem that interests you. Don't just follow where you think the hot topic is or what seems to be an easy problem. Consider what you are willing to spend the next decade or two or the rest of your life working on.
_Know your tools. Don't treat your tools as black boxes. Understand how they work and what their limitations are. With a microscope you don't need to know optics, but you should know something about light paths, magnification, and resolution. Don't be afraid to use non-computer tools. Don't find the problems that fit your tools.
_Don't be ghettoized. If you expect to be a scientist and to be doing research then don't come in just to perform services to apply your tools to other people's problems. If you want to write software and provide a service, that's great but do so deliberately. Do it because you love it.


After taking time to look back at his own career, Stein advised the audience that "there is an event where you find your true avocation. It's easy to find yourself going down the wrong path. There's no shame in turning back." But, Stein said, when it comes to bioinformatics, "It's the biology ,stupid".

Daniel H. Steinberg is a developer, a longtime technical writer, and the editor of both ONJava.com and java.net.

http://www.oreillynet.com/pub/a/network ... stein.html

Arabi có 1 số điểm đồng ý với người này nhưng cũng có nhiều điểm strongly disargee (nhất là Ten Years to Live). Mọi người tham gia nhé .


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ ba 09/08/05 3:27 pm 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ tư 23/02/05 10:13 pm
Bài viết: 1427
Những nhận xét sau là của riêng arabi . Những nhận xét này có thể là sai vì arabi chưa thật sự đi vào bioinformatics mà chỉ “ đứng ngòai nhìn vào” mà thôi . Mong được các thầy cô , anh chị góp ý .

Trích dẫn:
In light of his thoughts on services defined by tools and disciplines defined by problem, his answer was simple. Bioinformatics is just one way of studying biology. Whether you think of bioinformatics as High Throughput Biology, Integrative Biology, or Large Data Set Biology, fundamentally Stein argues that bioinformatics is biology.


Stein coi bioinformatics là 1 công cụ của sinh học chứ không phải là 1 ngành mới .
Arabi phải đồng ý với ý kiến này :
_Tin học từ lâu đã là 1 công cụ hỗ trợ đắc lực cho các nhà vật lý và hóa học . Kĩ năng tin học trở thành kĩ năng bắt buộc đối với các nhà vật lý và hóa học . Nhưng tại sao nó không là kĩ năng bắt buộc đối với các nhà sinh học ? Phải chăng là vì mới gần đây mới có sự bùng nổ thông tin trong sinh học làm xuất hiện nhu cầu phải ứng dụng tin học vào sinh học ? Từ đó mới xuất hiện sự phân biệt giữa :"Sinh học không có hoặc ít sử dụng đến máy tính" và "Sinh học sử dụng nhiều đến máy tính" (gọi là bioinformatics chăng ?) Nếu tin học là công cụ của vật lý và hóa học , chẳng lẽ tin học + sinh học lại tạo ra 1 ngành mới ?

Trích dẫn:
Lincoln Stein's keynote at the O'Reilly Bioinformatics Technology Conference was provocatively titled "Bioinformatics: Gone in 2012." Despite the title, Stein is optimistic about the future for people doing bioinformatics. But he explained that "the field of bioinformatics will be gone by 2012. The field will be doing the same thing but it won't be considered a field."


Ông giải thích ý kiến của mình : Bioinformatics sẽ không được coi là 1 lĩnh vực riêng vào năm 2012 vì lúc đó bioinformatics đã trở thành công cụ của mọi ngành sinh học .

Theo http://bioinformatics.org/faq/

Trích dẫn:
"Classical" bioinformatics
Most biologists talk about "doing bioinformatics" when they use computers to store, compare, retrieve, analyze or predict the composition or the structure of biomolecules. As computers become more powerful you could probably add simulate to this list of bioinformatics verbs.

"New" bioinformatics : ứng dụng trong
_comparative genomics.
_functional genomics.
_structural genomics


Bioinformatics với tư cách là 1 công cụ sẽ tiếp tục hòan thiện .
Có thể đến 2012 thì "Classical" bioinformatics trở thành 1 kĩ năng bắt buộc đối với mọi nhà sinh học còn "new bioinformatics" sẽ trở thành 1 công cụ của genomics ?

Trích dẫn:
Yes, the computer has become a central tool for biology like the microscope or the centrifuge. Being able to produce your own software for data analysis should be part of the undergraduate and graduate curriculum.


Hòan tòan đồng ý . Hic , arabi nhìn lại thấy kiến thức tóan của mình đã trôi theo mây , theo gió … :D


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 11/08/05 12:45 am 
Ngoại tuyến
plant - active member
plant - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 7:31 pm
Bài viết: 152
Đến từ: Rừng Quốc Gia
Trích dẫn:
Stein coi bioinformatics là 1 công cụ của sinh học chứ không phải là ngành mới.
Đồng ý với ý kiến này. Chỉ xem bioinformatics là một công cụ nhưng những ứng dụng của IT trong các ngành khoa học khác. Nhưng nếu nhận định là:
Trích dẫn:
Arabi phải đồng ý với ý kiến này :
_Tin học từ lâu đã là 1 công cụ hỗ trợ đắc lực cho các nhà vật lý và hóa học . Kĩ năng tin học trở thành kĩ năng bắt buộc đối với các nhà vật lý và hóa học . Nhưng tại sao nó không là kĩ năng bắt buộc đối với các nhà sinh học ? Phải chăng là vì mới gần đây mới có sự bùng nổ thông tin trong sinh học làm xuất hiện nhu cầu phải ứng dụng tin học vào sinh học ? Từ đó mới xuất hiện sự phân biệt giữa :"Sinh học không có hoặc ít sử dụng đến máy tính" và "Sinh học sử dụng nhiều đến máy tính" (gọi là bioinformatics chăng ?) Nếu tin học là công cụ của vật lý và hóa học , chẳng lẽ tin học + sinh học lại tạo ra 1 ngành mới ?
Hiểu bioinformatics theo nghĩa "dùng máy tính để giải quyết công việc sinh học" là đúng, nhưng cũng không bao quát hết đặc điểm. Bioinformatics còn được hiểu là việc xây dựng các hệ thống khai thác thông tin sinh học (xây dựng thuật toán, cơ sở dữ liệu, mô phỏng tiến trình sinh học...). Việc này đòi hỏi phải có sự kết hợp của chuyên ngành khác, người làm sinh học nhiều khi không thể "tự tạo" được công cụ này cho mình. Vì vậy vẫn có khái niệm "ứng dụng CNTT" trong vật lý, trong hóa học... tương tự như trong sinh học.

Trích dẫn:
Yes, the computer has become a central tool for biology like the microscope or the centrifuge. Being able to produce your own software for data analysis should be part of the undergraduate and graduate curriculum.
Sure! Computer bây giờ vẫn chỉ là công cụ, quan trọng là software do ai viết? Người làm sinh học hay người làm tin học?


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 11/08/05 3:09 am 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ tư 23/02/05 10:13 pm
Bài viết: 1427
Hic , arabi đợi mãi mới có người trả lời :D

Trích dẫn:
Hiểu bioinformatics theo nghĩa "dùng máy tính để giải quyết công việc sinh học" là đúng, nhưng cũng không bao quát hết đặc điểm. Bioinformatics còn được hiểu là việc xây dựng các hệ thống khai thác thông tin sinh học (xây dựng thuật toán, cơ sở dữ liệu, mô phỏng tiến trình sinh học...).


Thật ra , arabi muốn biết rõ xem bioinformatics là làm những việc gì ? "Sử dụng các phần mềm CÓ SẴN để phân tích bộ gien , mô phỏng cấu trúc phân tử , quá trình sinh học " có phải là "doing bioinformatics" không ? Hay "xây dựng thuật toán , viết các chương trình để làm các việc như vậy" mới chính là công việc CHÍNH của bioinformatics ? Hay là cả 2 khía cạnh này ?

Em nghĩ bioinformatics với nghĩa "Sử dụng các phần mềm CÓ SẴN để phân tích bộ gien , mô phỏng cấu trúc phân tử , quá trình sinh học " [bioinformatics=TOOL] sẽ trở nên phổ biến trong tương lai .
Còn bioinformatics với nghĩa là "xây dựng thuật toán , viết các chương trình" [bioinformatics=DISCIPLINE] sẽ còn phát triển dài dài . Đó chính là điểm arabi không đồng ý với tác giả .

Ở đây Stein cho rằng :
Trích dẫn:
In answer to a related question about computational biology, Stein answered that "it is algorithm development. It is a specialized discipline. I think it's a branch of CS."


Hì , cho dù xem bioinformatics là một nhánh của Computer Science hay của Biology thì kiến thức của cả 2 ngành là điều bắt buộc . Arabi vẫn thích xem nó là giao của 2 ngành hơn ! ( Tưởng tượng 1 computer scientist mà không biết chút gì về biology thử xem . Anh ta còn lâu mới viết được cái gì đàng hòang) :))


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 11/08/05 7:12 am 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
Bioinformatics = viết program + sử dụng program vào một mục đích gì đó :)

Tùy trình độ và yêu cầu công việc mà nhà sinh học sẽ sử dụng chương trình có sẵn hay viết chương trình riêng cho mình. Không nhất thiết tất cả những người làm sinh học đều phải biết "rành rẽ" về máy tính.

Computer là TOOL chứ không phải bioinformatics là tool. Hiểu nó là discipline thì đúng hơn.

Bài phát biểu của Lincoln Stein, trình bày trong conference của những người phát triển "công nghệ bioinformatics" (tức người làm IT ;) ) , chỉ là ý kiến cá nhân chứ không phải là xu thế chung. Theo atuan, bioinformatics sẽ "tiến hóa" theo hướng "hội tụ" nhiều ngành khoa học, do đó ngày càng phức tạp hơn, nhưng mức độ phổ biến của nó trong sinh học sẽ ngày càng rộng.

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 11/08/05 11:32 pm 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ tư 23/02/05 10:13 pm
Bài viết: 1427
Em cám ơn các thầy cô đã trả lời . Em đã hiểu rõ hơn về định nghĩa của bioinformatics rồi . :)


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Chủ nhật 11/09/05 11:57 am 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ ba 22/02/05 9:48 pm
Bài viết: 233
Siêu máy tính made in Vietnam
http://www.tuoitre.com.vn/Tianyon/Index.aspx?ArticleID=97442&ChannelID=16
:D cái này có liên quan đến Tin sinh học thì phải!!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Chủ nhật 11/09/05 12:18 pm 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
Trích dẫn:
Siêu máy tính made in Vietnam
http://www.tuoitre.com.vn/Tianyon/Index ... annelID=16
cái này có liên quan đến Tin sinh học thì phải!!
Cái này chưa gọi là siêu máy tính được vì năng lực tính toán còn thấp lắm, mấy ông nhà báo chỉ tổ "thêm mắm thêm muối" câu khách thôi. :)

Hệ thống Beowulf cluster này rất dễ, chỉ cần khoảng 2 tiếng (nếu đã đầy đủ thiết bị) là thiết lập xong. Những người đi đầu trong việc thiết lập hệ thống cluster ở thành TP.HCM là Khoa CNTT ĐHBK (16 CPU). Còn ở trường tự nhiên (từ những năm 2002) là Phòng Hóa Tin học, khoa Hóa. Tại Khoa Sinh, Phòng Tin Sinh học cũng có 2 hệ thống kiểu này mà có dám gọi là "siêu máy tính" đâu. hihi...

Post hình giới thiệu hệ thống này tại phòng bioinformatics để các bạn xem nè. :)

Hình ảnh
Hệ thống cluster với 4 CPU (thiết lập từ năm 2002)

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ hai 12/09/05 4:49 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:56 pm
Bài viết: 109
Mã:
Nói là siêu máy tính nghe to tát lắm, chẳng qua chỉ là hệ thống những máy tính làm việc song song thôi”. Thành phần cơ bản để xây dựng một hệ “Beowulf cluster” (BC - tên gọi để chỉ các siêu máy tính tự chế) là các máy tính cá nhân và sử dụng các phần mềm mã nguồn mở sẵn có trên Internet. Để viết được các chương trình chạy trên hệ thống này chỉ cần biết ngôn ngữ C hoặc Fortran, một chút về lập trình song song với thư viện MPI (Message Passing Interface) hoặc PVM (Parallel Virtual Machines). “Lắp ráp và cài đặt hệ thống là chỉ mới xong phần việc đơn giản nhất, việc lập trình song song để hệ thống giải quyết các bài toán lớn phức tạp hơn và thú vị nhiều. Mỗi nghiên cứu cần một chương trình riêng” - TS Đức nói.


Theo sakura, lời phát biểu trên về hệ thống tính toán song song của TS Đức thật ngắn gọn nhưng là một định hướng đầy đủ cho các bạn muốn tự học để thiết lập một small cluster.

Lúc đầu phải mất thời gian để tìm hiểu khái niệm, nguyên tắc hoạt động của một hệ thống song song. Sau khi đã thông suốt cách các máy "communicate" với nhau, vấn đề thiết lập hệ thống trở nên dễ dàng hơn. Khi đã quen rồi, bạn có thể thiết lập một hệ thống trong một thời gian rất ngắn. Nhưng vấn đề quan trọng nhất, như TS Đức đã nói, là thực hiện lập trình song song cho mỗi bài toán nghiên cứu cụ thể.

Với một số đặc điểm của các bài toán sinh học như lượng dữ liệu lớn, các thao tác tính toán thường lập lại với các tùy chọn tham số khác nhau,.. hệ thống tính toán song song đã được áp dụng để giải quyết nhiều bài toán sinh học: giải trình tự, so sánh trình tự, tìm gene, mô phỏng cấu trúc…

_________________
Người nghĩ về gió bấc mưa giông
Về những cánh đồng quanh năm gối vụ


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ hai 10/07/06 11:52 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
Tương lai xa của bioinformatics thế nào thì chưa biết - trong cái thời đại mà mọi thứ công nghệ sẽ lạc hậu chỉ 5' sau khi nó ra đời - nhưng hiện tại và tương lai gần thì bioinformatics được xem như là một chuyên ngành trong lĩnh vực CS (computer science).
Phần lớn tai các trường ĐH có ngành này thường xếp nó như một chuyên ngành của Khoa CS.
Theo ý kiến cá nhân tôi - mà hình như cũng là đã nghe/đọc ở đâu đó :) - thì Bioinformatics nên hiểu là một chuyên ngành của CS mà đối tượng nghiên cứu là các lớp bài toán của biology như: Dự đoán chức năng của một protein mới, phân lớp protein, xác định chức năng của một gene nào đó ...
Nó cũng giống như các chuyên ngành khác của CS: Graphics Computer (đồ họa máy tính), AI (Trí tuệ nhân tạo) ...

_________________
Từ thuở mang gươm đi mở nước
Nghìn năm thương nhớ đất Thăng Long


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ ba 11/07/06 6:30 am 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
pppnnn đã viết:
Tương lai xa của bioinformatics thế nào thì chưa biết - trong cái thời đại mà mọi thứ công nghệ sẽ lạc hậu chỉ 5' sau khi nó ra đời - nhưng hiện tại và tương lai gần thì bioinformatics được xem như là một chuyên ngành trong lĩnh vực CS (computer science).
atuan lại hiểu khác: bioinformatics là thuật ngữ chỉ một ngành khoa học kết hợp từ các ngành khoa học đơn lẻ khác chứ không phải đơn thuần là một công nghệ. Do vậy nó sẽ "tiến hóa và phát triển" cùng thời gian.

Trích dẫn:
Phần lớn tai các trường ĐH có ngành này thường xếp nó như một chuyên ngành của Khoa CS.
10-15 năm trước giới CNTT là những người đầu tiên nhận ra tiềm năng khai thác từ kho dữ liệu khổng lồ của tự nhiên. Ban đầu bioinformatics ra đời như 1 mảng ứng dụng của CNTT trong sinh học. Hiện nay tình hình đã có nhiều thay đổi, người làm sinh học cũng rất quan tâm đến các công cụ và ứng dụng bioinformatics trong nghiên cứu thực nghiệm. Do đó ngành học này cũng xuất hiện trong nhiều trường, viện làm chuyên về sinh học, công nghệ sinh học, hóa sinh, lý sinh, y sinh...

Trích dẫn:
Theo ý kiến cá nhân tôi - mà hình như cũng là đã nghe/đọc ở đâu đó - thì Bioinformatics nên hiểu là một chuyên ngành của CS mà đối tượng nghiên cứu là các lớp bài toán của biology như: Dự đoán chức năng của một protein mới, phân lớp protein, xác định chức năng của một gene nào đó ...
Nó cũng giống như các chuyên ngành khác của CS: Graphics Computer (đồ họa máy tính), AI (Trí tuệ nhân tạo) ...
Ý kiến của bạn là một ví dụ rõ nét về góc nhìn của người làm CNTT đối với bioinformatics. Các ngành đồ họa máy tính, trí tuệ nhân tạo... gần như đòi hỏi kiến thức về toán và tin học. Nhưng với bioinformatics, toán và tin học đóng vai trò 40-50%, phần còn lại là kiến thức về sinh học, hóa học, vật lý... Không có sự hiểu biết về các quy luật sinh học, nguyên lý hóa học, vật lý, ứng dụng của bioinformatics chỉ dừng lại ở những bài toán sinh học đơn giản (tìm sự tương đồng trình tự, dự đoán vị trí gene...). Những bài toán phức tạp (dự đoán chức năng của một protein mới, phân lớp protein... như bạn nói) cần phải có kiến thức sinh, hóa, lý. Vì sao? Vì cơ thể sống vận động tuân theo các định luật vật lý và hóa học trong khi toán học không thể mô tả hết mọi thứ bằng công thức và hàm số (nhiều hiện tượng tự nhiên còn ngoài tầm tri thức của nhân loại). Nói điều này không phải để đánh giá cao ngành này, coi thường giá trị ngành kia, mà để giúp ta xác định đúng mục tiêu thật sự của bioinformatics. Từ đó có động lực để tự bồi bổ kiến thức cho mình, thích hợp với công việc nhiên cứu. Atuan đã thấy nhiều bạn bè(trong trường, viện mình làm việc) học CNTT, hóa, vật lý phải cố nuốt phần sinh học đại cương. Còn bản thân mình cũng phải è cổ đọc sách hóa, lý, tin. :D

Túm lại, xem bioinformatics là 1 môn học của computer science cũng được. Nhưng đánh đồng nó như các môn học đặc thù của CNTT thì e là bạn chưa hiểu hết ý nghĩa của từ bioinformatics. :)

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Hiển thị những bài viết cách đây:  Sắp xếp theo  
Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 20 bài viết ]  Chuyển đến trang 1, 2  Trang kế tiếp

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Ai đang trực tuyến?

Đang xem chuyên mục này: Không có thành viên nào đang trực tuyến3 khách


Bạn không thể tạo chủ đề mới trong chuyên mục này.
Bạn không thể trả lời bài viết trong chuyên mục này.
Bạn không thể sửa những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể xoá những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể gửi tập tin đính kèm trong chuyên mục này.

Tìm kiếm với từ khoá:
Chuyển đến:  
POWERED_BY
Vietnamese language pack for phpBB 3.0.x download and support.