Nhà Sinh Học Trẻ

Diễn Đàn của những Bạn Trẻ yêu thích Sinh Học
Hôm nay, Thứ năm 13/08/20 11:55 am

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Nội quy chuyên mục


Không gởi bài xin tài liệu trong chuyên mục này (xem chuyên mục "Tài liệu theo yêu cầu")



Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 2 bài viết ] 
Người gửi Nội dung
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 21/10/10 9:21 pm 
Ngoại tuyến
chaos

Ngày tham gia: Thứ năm 21/10/10 4:57 pm
Bài viết: 3
Xin chào cả diễn đàn,

Em là một sinh viên CNSH mới ra trường và đang chuẩn bị đi làm tại labo ở bệnh viện trường ĐH Y. Em được phân công học tập về tin sinh học nhưng tất cả đều chỉ là bắt đầu.
Labo em có giải trình tự genome (Whole Genome Sequencing) 1 vi khuẩn gây bệnh ở cty BaseClear, họ chạy bằng hệ thống của Illumina và dữ liệu họ gửi về là định dạng FASTQ.
Các anh cho em hỏi một số điều sau, mong được các anh tận tình giải đáp:
1. FASTQ là gì? điểm khác nhau ở FASTQ và FASTA
2. Từ file FASTQ của genome vi khuẩn đó ta có thể phân tích được gì?
3. Genome assembly, annotation và gap closure là gì?
4. Kỹ thuật paired-end sequencing?
5. Thuật ngữ cycle paired-end reads

Mong được các anh chị giúp đỡ!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 22/10/10 3:46 am 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành

Ngày tham gia: Thứ tư 07/03/07 1:41 am
Bài viết: 207
Alex chưa có kinh nghiệm làm với format này nhưng google thấy 1 số tài liệu.
http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml
http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format
http://www.bioperl.org/wiki/FASTQ_sequence_format
và 1 bài báo nói về định dạng này (link down: http://www.box.net/shared/dytekbcm87)

The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants
Peter J. A. Cock, Christopher J. Fields, Naohisa Goto, Michael L. Heuer and Peter M. Rice
Nucl. Acids Res. (2009)

:)

_________________
on my way ...!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Hiển thị những bài viết cách đây:  Sắp xếp theo  
Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 2 bài viết ] 

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Ai đang trực tuyến?

Đang xem chuyên mục này: Không có thành viên nào đang trực tuyến4 khách


Bạn không thể tạo chủ đề mới trong chuyên mục này.
Bạn không thể trả lời bài viết trong chuyên mục này.
Bạn không thể sửa những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể xoá những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể gửi tập tin đính kèm trong chuyên mục này.

Tìm kiếm với từ khoá:
Chuyển đến:  
cron
POWERED_BY
Vietnamese language pack for phpBB 3.0.x download and support.