Nhà Sinh Học Trẻ

Diễn Đàn của những Bạn Trẻ yêu thích Sinh Học
Hôm nay, Thứ ba 11/08/20 1:31 pm

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Nội quy chuyên mục


Không gởi bài xin tài liệu trong chuyên mục này (xem chuyên mục "Tài liệu theo yêu cầu")



Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 17 bài viết ]  Chuyển đến trang 1, 2  Trang kế tiếp
Người gửi Nội dung
 Tiêu đề bài viết: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ ba 07/09/10 9:12 am 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Thứ ba 07/09/10 8:29 am
Bài viết: 9
Xin chào 4rum

Mình là một thành viên mới 4rum. Mình là dân CNTT yêu sinh học nên đang tập tành nghiên cứu về Protein-protein Interaction (PPI), cụ thể mình đang nghiên cứu PPI dựa vào thông tin Domain (một protein có thể có hoặc không có domain, nếu có thì có thể có nhiều loại hoặc 1 loại domain). Một nhóm ở bên USA predict PPI dựa vào việc training từ database tương tác protein, mỗi protein sẽ được một tả bởi một danh sách các domain, hiện nay họ đã xây dựng được 1 map (networks) domain.
Mình nghĩ việc predict PPI mà chỉ dựa vào việc có hay kô có domain hình như chưa đủ và kô xác thật tế lắm. Hướng của mình là làm sao cho việc predict này gần với yếu tố sinh học hơn (các thông số, chỉ số về sinh học) và tiến đến xây dựng một network domain.
Đây cũng là dự định đề tài luân văn tốt nghiệp của mình săp tới (mình là học viêc cao học ngành hệ thống thông tin, Khoa CNTT, DH KHTN tp.HCM). Ko biết trong 4rum mình ai biết, đã và đang quan tâm đến vấn đề này không xin chỉ giáo với. Nói thật hiện tại mình không tìm ra được tài liệu nói về các yếu tố sinh học liên quan đến domain. Ah, nếu ai biết Thầy nào nghiên cứu vấn đề này xin giới thiệu luôn (hơi tham nhỉ). Thanks 4rum rất nhiều.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ ba 07/09/10 9:21 am 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Chủ nhật 06/03/05 11:25 pm
Bài viết: 760
"Protein-protein Interaction" thì bạn thử hỏi bác pppnnn.
Nếu SV nhớ không nhầm thì bác ấy có làm về vấn đề này. SV chỉ biết được bấy nhiêu đó thôi.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 09/09/10 10:29 pm 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Thứ ba 07/09/10 8:29 am
Bài viết: 9
hix hix, ko ai biet van de nay sao?
Thanks moi nguoi


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 09/09/10 11:30 pm 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành

Ngày tham gia: Thứ tư 07/03/07 1:41 am
Bài viết: 207
scorpns đã viết:
Hướng của mình là làm sao cho việc predict này gần với yếu tố sinh học hơn (các thông số, chỉ số về sinh học) và tiến đến xây dựng một network domain.


Bạn nói rõ hơn về yếu tố sinh học này không? Nếu không dựa vào cấu trúc, bạn muốn dựa vào đặc tính gì khác?

_________________
on my way ...!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 10/09/10 4:02 am 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Thứ ba 07/09/10 8:29 am
Bài viết: 9
alex đã viết:
Bạn nói rõ hơn về yếu tố sinh học này không? Nếu không dựa vào cấu trúc, bạn muốn dựa vào đặc tính gì khác?

Hiện tại mình biết có 1 hướng là dựa vào sự xuất hiện của domain để predict (mỗi protein có list các domain mà nó chứa). Mình đang muốn tìm 1 chỉ số sinh học nào đó góp phần vào việc interaction.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 11/09/10 9:06 am 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Chủ nhật 16/05/10 8:36 pm
Bài viết: 8
Chào scorpns,
Sự khác biệt của 2 loại ngôn ngữ chuyên môn: Domain và các yếu tố sinh học (chỉ số sinh học).
Domain trong tin học: là một cái tên để đặc trưng cho loại protein?
Domain networks: Mỗi một Database có chứa một số protein, các database liên kết với nhau cho nên một khi truy cập 1 loại protein thì chúng có thể xuất ra loại protein cần dù rằng protein này đang nằm ở Database nào đó?
Còn scorpns mong muốn là khi bạn nhập thông số (các yếu tố sinh học cơ bản hoặc là đặc trưng của protein) thì trong database sẽ xuất ra protein đó?
Còn trong nghiên cứu Protein-protein Interaction (PPI): trong sinh học dựa trên cấu trúc có 2 dạng: dạng ổn định (thuộc về cấu trúc cứng, các protein không thay đổi); linh hoạt (khi tham gia chức năng thì có sự liên kết)?
Trong predict, có xét đến cấu trúc (protein có cấu trúc 2D, 3D không gian và có sự kết hợp giữa các thành phần protein nhỏ - tiểu đơn vị); chức năng: là phản ứng sinh học sẽ có sự hình thành có thể có sự liên kết một loạt protein khác nhau theo chuổi phản ứng.
Thật ra bên sinh học cũng đã xét đến các yếu tố (đó là thông số, chỉ số sinh học) rồi.
Đang phát triển tiếp tục!!!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Chủ nhật 12/09/10 3:30 am 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Thứ ba 07/09/10 8:29 am
Bài viết: 9
Thanks cunngungoc rất nhìu. Nó giúp mình hiểu ra nhiều vấn đề.
Còn khái niệm domain thì mình bê nguyên si định nghĩa ở PFAM database.
Proteins are generally composed of one or more functional regions, commonly termed domains (trích http://pfam.sanger.ac.uk/)
Vấn đề mình đang quan tâm và rất cần sự góp ý của mọi người là liệu có score (chỉ số) gì của mỗi domain trong protein mà ảnh hưởng đến sự Interaction hay không?( :) bệnh nghề nghiệp)Vì bên CNTT không predict dựa trên thực nghiệm nên cố tìm ra những chỉ số (score) của các đặc trưng (thuộc tính) của đối tượng (ở đây là domain) mà có vai trò quyết định và thông qua quá trình learning từ tâp dữ liệu training (tập các protein interaction) sẽ suy dẫn ra "luật" kết luận interaction hay không.
Còn domain networks là domain interaction networks(maps).
Có một điều hạn chế trong data mình sử dụng đó là cặp protein interaction. Bởi theo đóng gióp của bạn cunngungoc thì có thể 1 tập các protein hoặc interaction chỉ xảy ra khi có 1 trình tự các protein nào xuất hiện.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 16/09/10 7:58 am 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Thứ ba 07/09/10 8:29 am
Bài viết: 9
4rum trầm lặng :)


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 16/09/10 5:32 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Chủ nhật 06/03/05 11:25 pm
Bài viết: 760
scorpns đã viết:
4rum trầm lặng :)
Đúng vậy, vì số người (Việt) làm cùng "vấn đề bạn quan tâm" chỉ đếm được trên đầu ngón tay. Vì thế khó mà tìm được nhau để trao đổi.
:)

SV muốn hỏi thêm bạn một ý: interaction giữa hai domain (của protein) nghĩa là gì?


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 17/09/10 5:49 pm 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Thứ ba 07/09/10 8:29 am
Bài viết: 9
Mình không biết giải thích thế nào. Nhưng interaction, theo mình biết hiện nay trong đa số các database là interaction vật lý.
mù mờ vẫn là mù mờ phải ko SV :D


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 17/09/10 6:28 pm 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành

Ngày tham gia: Thứ tư 07/03/07 1:41 am
Bài viết: 207
scorpns đã viết:
Mình không biết giải thích thế nào. Nhưng interaction, theo mình biết hiện nay trong đa số các database là interaction vật lý.


Dzị mà trước giờ mình nghĩ là tương tác hóa học :o - Bạn scorpns có chắc k vậy?

scorpns đã viết:
Vấn đề mình đang quan tâm và rất cần sự góp ý của mọi người là liệu có score (chỉ số) gì của mỗi domain trong protein mà ảnh hưởng đến sự Interaction hay không?


Theo alex, score ảnh hưởng tới interactions của domains đầu tiên đương nhiên là structure (có thể thay đổi theo pH, nhiệt độ và thậm chí interaction partner nữa (allosteric effect)).

_________________
on my way ...!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 18/09/10 11:26 pm 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Thứ ba 07/09/10 8:29 am
Bài viết: 9
ah, mình đang nói đến các cặp protein có types interaction là physical interaction mà là đầu vào cho nghiên cứu DDI.
chắc mình phải quan tâm đến structure thui


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 23/09/10 8:13 am 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ ba 14/10/08 4:43 pm
Bài viết: 12
Đến từ: DHQG Hà Nội,Hà Nội, Việt Nam
Chào bạn scorpns!
Bạn lại là bên Tin lại tìm hiểu về vấn đề này chắc định theo Tin sinh à?
Mình bên Lý Sinh, trước có làm một chút về proteins, nhưng lại có chút xíu thôi về domain-domain interaction.
Thế này ! Bạn bê luôn định nghĩa domain là gì về thì chuẩn quá rồi. Nhưng có thể hiểu domain trong sinh học như sau. Domain được chia ra theo chức năng của chúng góp phần vào hoạt động của protein. Mình chỉ làm việc với enzyme nên domain được hiểu như là các vùng xử lý khác nhau.
Mình lấy một ví dụ đơn giản:
Một enzyme ô xi hóa khử có hai domain, thì một sẽ có chức năng liên kết với chất bị ô xi hóa (khử), một vùng sẽ liên kết với chất xúc tác. Như glucose oxidase chẳng hạn, một vùng sẽ liên kết với C thứ 5 trong đường glucose để chuyển hóa nó thành đường gluconic acid, phần còn lại sẽ liên kết với NADH là chất xúc tác để tăng khả năng hoạt động của enzyme.
Nhìn ở góc độ hóa lý thì có thể thấy tương tác giữa hai domains như sau:
- Ban đầu để chuyển hóa từ trạng thái chưa kích hoạt sang kích hoạt (biến Glucose thành gluconic acid như ví dụ trên) thì domain trên enzyme cần chuyển qua một hàng rào năng lượng - Domain này thường đặt tên là N domain. Khi liên kết với NADH thì rào thế này giảm đi giúp cho phản ứng xảy ra nhanh hơn. (hiện nay bằng cách thay thế NADH bằng tác nhân có thể độc được, như dòng điện người ta đang định hướng chế tạo cảm biến sinh học). Mối quan hệ giữa domain - domain sao cho xuất hiện hiện tượng kể trên có rất nhiều cách giải thích.
+ Với o xi hóa khử thì người ta nghĩ đến sự chuyển hóa điện tích giữa các mối liên kết.
+ Với các enzyme có nhiều domain, và chất xúc tác liên kết với 2 domain trở lên, người ta nghĩ đến thay đổi cấu trúc.
+ ...
Vì vậy việc tìm đến domain - domain interaction của bạn, theo tôi là phải đặt câu hỏi là giành cho loại nào. Liên quan đến cơ chất, hay là chất xúc tác nào? Phần này tôi có rất ít tài liệu, và theo tôi nghĩ đây cũng là vấn đề không mới nhưng lại cực kì thách thức.

Ở góc độ vật lý, tôi có làm một vấn đề cách đây khá lâu (2006). Đó là việc nghiên cứu cấu trúc tự giãn (unfolding) của một enzyme có hai domain dược tác dụng của ap suất và nhiệt đô. Hiện tượng domain nào tháo xoán trước ảnh hưởng đến chức năng sinh học của enzyme ra sao thì tôi chưa nắm bắt rõ. Cái vật lý ở đây chính là khảo sát Gibbs potential (có thể gọi là thế năng chăng?) của enzyme, và kiểm tra xem khi nào chúng thay đổi cấu trúc và thay đổi ra làm sao. Tương tác giữa hai domain thể hiện rõ việc chúng tự tháo xoán độc lập khác thế nào khi chúng được liên kết. Có một bài báo rất rất hay về phần này. Vắn tắt như sau:
- Hai domain độc lập có trạng thái tháo xoán là A và B, khi chúng liên kết có các hiện tượng sau:
+ Trong enzyme chúng tháo xoắn hoàn toàn độc lập (điểm tháo xoắn không đổi) - liên kết rời rạc
+ Một cái tháo xoán bình thường, một cái kia bền hơn (hoặc kém bền hơn) - ảnh hưởng một chiều
+ Cả hai cái cùng bền hơn (hỗ trợ).
Bài báo này cũng đưa một vài thí nghiệm về phần đó.
Riêng tôi thì làm với PGK - phosphoglycerate kinase với 2 domain N và C. Thấy rằng chúng tháo xoắn khá độc lập, có hiện tượng hỗ trợ rất ít, nghĩa là C domain được hỗ trợ nhiều hơn.
Và câu hỏi đặt ra, tương tác giữa domain - domain trong vật lý như vậy có liên quan gì đến hiện tượng hóa lý ở bên trên hay không, hay lien quan gì đến chức năng sinh học của enzyme. Câu trả lời theo tôi cho đến bây giờ vẫn còn là bí ẩn.

Lời cuối.
Chào mừng bạn đến với điều kì diệu bí ẩn nhất trong sinh học phân tử.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 23/09/10 11:56 pm 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Thứ ba 07/09/10 8:29 am
Bài viết: 9
Điều đầu tiên sau khi đọc xong bài viết của anh ngoclong80 (em xin lỗi nếu các xưng hô không đúng) là rất rất cám ơn anh. Đúng là "đi một ngày đàng học một sàn khôn". Bây giờ thì em đã biết mình phải làm gì.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Domain Domain Interaction (DDI)
Gửi bàiĐã gửi: Thứ tư 08/12/10 9:41 pm 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Chủ nhật 16/05/10 8:36 pm
Bài viết: 8
Domain? Vietnamese là gì nhỉ?
IT: Database: Vùng cơ sở dữ liệu; Website: Tên miền;
Biotechnology: Protein (Enzyme): Là phần chuỗi polypeptide có cấu trúc bậc 2 tự cuộn lại 1 cách độc lập thành dạng hạt rắn. Domain bao gồm 2 hoặc nhiều lớp đơn vi cấu trúc bậc 2. Domain anpha: cấu trúc chỉ gồm xoắn anpha; Domain beta: gồm phiến Beta; Domain apha/beta: gồm cả anpha và beta. Mỗi domain có chức năng đặc thù riêng trong hoạt động xúc tác.
The glucose oxidase binds specifically to β-D-glucopyranose (a hemiacetal form of the six-carbon sugar glucose) and does not act on α-D-glucose. But it is able to act on glucose, because in solution, the glucose is under cyclic form (at pH7, 36.4% of β-D-glucose and 63.6% of α-D-glucose, the linear form being negligible) and the oxidation displaces the equilibrium to β-D-glucose[1].

GOx catalyzes the oxidation of β-D-glucose into D-glucono-1,5-lactone, which then hydrolyzes to gluconic acid.

In order to work as a catalyst, GOx requires a cofactor, flavin adenine dinucleotide (FAD). FAD is a common component in biological oxidation-reduction (redox reactions). Redox reactions involve a gain or loss of electrons from a molecule. In the GOx-catalyzed redox reaction, FAD works as the initial electron acceptor and is reduced to FADH2. Then FADH2 is oxidized by the final electron acceptor, molecular oxygen (O2), which can do so because it has a higher reduction potential. O2 is then reduced to hydrogen peroxide (H2O2).


"a cofactor"=>
Bạn ở trên nói: "Một enzyme ô xi hóa khử có hai domain, thì một sẽ có chức năng liên kết với chất bị ô xi hóa (khử), một vùng sẽ liên kết với chất xúc tác. Như glucose oxidase chẳng hạn, một vùng sẽ liên kết với C thứ 5 trong đường glucose để chuyển hóa nó thành đường gluconic acid, phần còn lại sẽ liên kết với NADH là chất xúc tác để tăng khả năng hoạt động của enzyme". Hehehe không biết thông tin bạn Lý-sinh như thế nào nhỉ???


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Hiển thị những bài viết cách đây:  Sắp xếp theo  
Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 17 bài viết ]  Chuyển đến trang 1, 2  Trang kế tiếp

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Ai đang trực tuyến?

Đang xem chuyên mục này: Google [Bot]2 khách


Bạn không thể tạo chủ đề mới trong chuyên mục này.
Bạn không thể trả lời bài viết trong chuyên mục này.
Bạn không thể sửa những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể xoá những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể gửi tập tin đính kèm trong chuyên mục này.

Tìm kiếm với từ khoá:
Chuyển đến:  
cron
POWERED_BY
Vietnamese language pack for phpBB 3.0.x download and support.