Nhà Sinh Học Trẻ

Diễn Đàn của những Bạn Trẻ yêu thích Sinh Học
Hôm nay, Thứ năm 13/08/20 12:24 pm

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Nội quy chuyên mục


Không gởi bài xin tài liệu trong chuyên mục này (xem chuyên mục "Tài liệu theo yêu cầu")



Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 3 bài viết ] 
Người gửi Nội dung
Gửi bàiĐã gửi: Thứ tư 23/06/10 9:07 am 
Ngoại tuyến
chaos

Ngày tham gia: Thứ tư 23/06/10 8:50 am
Bài viết: 2
Mình đang làm về xây dựng cây phát sinh loài của các cây họ Gừng dựa vào trình tự ITS. Mình đã đọc các bài của các bạn đã gửi, tham khảo tài liệu trên mạng, nhưng lúc tiến hành làm cảm thấy có quả nhiều rắc rối, không biết phải giải quyết nhu thế nào, mong các bạn giúp mình với.
vấn đề của mình là:
- Sau khi có kết quả giải trình tự, mình dùng phần mềm seqman (DNASTAR) để đọc thành trình tự hoàn chỉnh. Như vậy mình đã có trình tự thô của các mẫu. Các mẫu này sau đó được chuyển sang phần mềm align để gióng hàng.
- Theo tham khảo của các tác giả đã làm khi tạo cây phát sinh loài là phải chọn out-group, các mẫu được xem là in-group. Out-group mình chọn là Siphonochilus kirkii, Siphonochilus aethiopicus và Siphonochilus decorus (theo Kress và cộng sự đã khảo sát trên các tribe họ Gừng).
Theo các tác giả mình đọc về tạo cây phát sinh loài bằng phần mềm PAUP. Theo tài liệu mình đọc thì dùng PAUP hoặc PHYLIP đều được cả. Nhưng PAUP thì tốt hơn. Hiện mình chỉ có DNASTAR và đang dùng nó để align và dựng cây phát sinh loài thử như thế nào.
- Mình thử align clustalW bằng 3 cách. Cách thứ nhất: Dùng trình thự thô ở trên, cùng với 3 trình tự out-group cùng align; Kết quả là out-group và in-group lẫn vào nhau. Cách thứ hai: dùng 25 trình tự thô blast lên genebank, tìm trình tự tương đồng; so sánh và xác định vùng ITS1-5,8S-ITS2, nếu đoạn gen của mình nằm trong vùng ITS1-5,8S-ITS2 đã công bố thì mình giữ nguyên, nếu đoạn có phần nằm ngoài thì phần đó bị cắt bỏ. Khi làm thao thác này thì khó khăn gặp phải là có một vài trình tự có đoạn tương đồng thấp, khoảng từ 200-300nu (vùng ITS khoảng từ 600-700nu) và các đoạn này cũng giữ nguyên. Kết quả là trong cây phát sinh loài nhóm out-group vẫn chưa tách riêng hoàn toàn (trong nhóm có out-group chia làm 2 nhánh, một nhánh gồm 3 out-group và nhánh còn lại là 2 mẫu trong in-group). Cách thứ 3: sau khi align, chọn vùng trình tự khá tương đồng (các nu của các trình tự đều xuất hiện và tương đối giống nhau ở 2 đầu 3' và 5') và loại bỏ vùng dư ra ở hai đầu. kết quả là nhóm out-group và in-group phân biệt rõ làm 2 nhóm. Mình định lựa chọn cách thứ 3. Vậy cách chọn này của mình có hợp lí hay không?
- Các thông số của align clustalW được set như sau: (các thông số này mình đọc và tham khảo trên mạng. Mình không hiểu lí do tại sao phải chọn các thông số như vậy? Trong các thông số trên, thông số nào là quan trọng nhất?)
multiple alignment parameter:
Gap penalty: 15.00
Gap length penalty: 6.66
Delay divergent seq(%): 30
DNA transition weight: 0.50
pairwise alignment parameter:
Slow-accurate
gap penalty: 15.00
gap length: 6.66
DNA weight matrix: IUB
- Kết quả align gồm: Alignment report, Phylogenetic tree, Residue substitutions và sequence distances.
- Mình tham khảo các bài báo về phân tích vùng ITS và matK, thấy người ta đưa ra các thông số như là:
G+C content range ()
G+C content mean ()
Sequence divergence (ingroup)
Sequence divergence (in/outgroup)
Number of variable sites (in parentheses)
Number of constant sites (in parentheses)
Number of informative site (in parentheses)
Number of autapomorphic sites (in parentheses)
Transitions (unambiguous)
Transversions (unambiguous)
Transitions/transversions (ts/tv)
Average number of steps per character
mình không biết các thông số này được tính như thế nào và ý nghĩa của nó trong phân tích trình tự?
- Khi trình bày cây phát sinh loài, các tác giả hay đề cập đến các thông số như: CI, RI và RC. Các chỉ số này là gì và ý nghĩa của chúng như thế nào?
- Trong các bài mà mình tham khảo, em thấy có đề cập đến thuật ngữ bootstrap. vậy thuật ngữ này có ý nghĩa gì? trong cây phát sinh loài của mình, giá trị này không hiện lên. vây phải làm thế nào?


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 24/06/10 3:41 pm 
Ngoại tuyến
plant - active member
plant - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 7:31 pm
Bài viết: 152
Đến từ: Rừng Quốc Gia
Bạn có thể cho biết tên một vài bài báo mà bạn tham khảo được không? Mình có thể đọc qua rồi xem có giúp được gì không. Đọc phần viết của bạn bên trên khó hiểu quá.

_________________
Mr. deer


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 25/06/10 11:08 am 
Ngoại tuyến
chaos

Ngày tham gia: Thứ tư 23/06/10 8:50 am
Bài viết: 2
Đây là một số bài báo mà mình đã tham khảo:
1. THE PHYLOGENY AND A NEW CLASSIFICATION OF THE GINGERS (ZINGIBERACEAE): EVIDENCE FROM MOLECULAR DATA
tác giả: W. JOHN KRESS, LINDA M. PRINCE AND KYLE J. WILLIAMS

2. The molecular phylogeny of Alpinia (Zingiberaceae): a complex and polyphyletic genus of gingers
tác giả: W. John Kress, Ai-Zhong Liu, Mark Newman and Qing-Jun Li

3. THE PHYLOGENY OF TRIBE ZINGIBEREAE (ZINGIBERACEAE) BASED ON ITS (nrDNA) AND trnL–F (cpDNA) SEQUENCES
tác giả: C. NGAMRIABSAKUL, M. F. NEWMAN and Q. C. B. CRONK


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Hiển thị những bài viết cách đây:  Sắp xếp theo  
Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 3 bài viết ] 

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Ai đang trực tuyến?

Đang xem chuyên mục này: Không có thành viên nào đang trực tuyến1 khách


Bạn không thể tạo chủ đề mới trong chuyên mục này.
Bạn không thể trả lời bài viết trong chuyên mục này.
Bạn không thể sửa những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể xoá những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể gửi tập tin đính kèm trong chuyên mục này.

Tìm kiếm với từ khoá:
Chuyển đến:  
POWERED_BY
Vietnamese language pack for phpBB 3.0.x download and support.