Nhà Sinh Học Trẻ

Diễn Đàn của những Bạn Trẻ yêu thích Sinh Học
Hôm nay, Thứ năm 13/08/20 1:38 pm

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Nội quy chuyên mục


Không gởi bài xin tài liệu trong chuyên mục này (xem chuyên mục "Tài liệu theo yêu cầu")



Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 4 bài viết ] 
Người gửi Nội dung
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 09/10/09 5:33 pm 
Ngoại tuyến
chaos

Ngày tham gia: Thứ sáu 09/10/09 5:16 pm
Bài viết: 2
Chào các anh chị. Tôi vừa theo môn BioInformatique được vài tuần. Giáo viên không dạy dỗ gì cả mà đưa luôn một bài tập "tìm kiếm thông tin của proteine trong file PDB", cụ thể là với protein có ID 1lks.
Thông tin phải tìm kiếm ngoài tên tuổi chức năng ra còn phải tìm hiểu xem nó là mono-moleculaire hay multi-moleculaire, rồi khối lượng của protein, đường kính của phân tử...
Họ tung cho tôi vài phần mềm nhưng cũng không đào được nhiều thông tin như thế. Mày mò mở file PDB ra thì chỉ tìm được tên (search được chức năng trên google), rồi phương pháp experiement, crystallisation...) :(

Các anh chị làm ơn truyền lại tí kinh nghiệm cho tôi với. Kiến thức căn bản về sinh học của tôi gần như không có, thi sinh học tế bào và vi sinh vật mãi chưa qua [funny]
Chân thành cám ơn!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 09/10/09 7:00 pm 
Ngoại tuyến
fungi
fungi

Ngày tham gia: Thứ hai 29/08/05 11:32 pm
Bài viết: 104
vtvdung đã viết:
Thông tin phải tìm kiếm ngoài tên tuổi chức năng ra còn phải tìm hiểu xem nó là mono-moleculaire hay multi-moleculaire, rồi khối lượng của protein, đường kính của phân tử...


Chỉ cần vô đúng pdb website gõ cái tên 1lks rồi đọc thông tin trên màn hình là ra được ít nhất 2 trong 3 thông tin bạn cần trên kia rồi.
Mình để hình lên, bạn tự nhìn nhé! (Click vào hình để nhìn cỡ lớn)

vtvdung đã viết:
Các anh chị làm ơn truyền lại tí kinh nghiệm cho tôi với. Kiến thức căn bản về sinh học của tôi gần như không có, thi sinh học tế bào và vi sinh vật mãi chưa qua


Đọc đoạn này của bạn nản quá. Kinh nghiệm thì có thể truyền, nhưng kiến thức fải tự tích tụ, không lấy đó làm lý do được.
Chúc bạn tiến bộ.


Tập tin đính kèm:
print-screen 1lks PDB.PNG
print-screen 1lks PDB.PNG [ 112.39 KiB | Đã xem 5702 lần ]

_________________
many roads to take: some to joys, some to heartache...
Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 10/10/09 10:50 pm 
Ngoại tuyến
chaos

Ngày tham gia: Thứ sáu 09/10/09 5:16 pm
Bài viết: 2
Xin chào. Cám ơn bạn đã hướng dẫn. Trang web bạn gửi thì mình truy nhập từ lâu, nói chung là thông tin public trên mạng mình đã tìm gần hết rồi, mình chỉ chưa có kinh nghiệm bằng cách đọc sẵn trong file PDB, hay là sử dụng một phần mềm nào đó (SPDBV, Pymol, Jmol, WinMGM... :?: ) mà nó export ra được thông tin thôi.
Mình không lấy gì ra làm lí do cả, chỉ thêm chút mắm muối để có chuyện làm quen với mọi người thôi. Mình là dân IT nên trò google thì tốt nhưng mà Bio thì vẫn còn phải cần thời gian :D. \:D/

light-heart đã viết:
vtvdung đã viết:
Thông tin phải tìm kiếm ngoài tên tuổi chức năng ra còn phải tìm hiểu xem nó là mono-moleculaire hay multi-moleculaire, rồi khối lượng của protein, đường kính của phân tử...


Chỉ cần vô đúng pdb website gõ cái tên 1lks rồi đọc thông tin trên màn hình là ra được ít nhất 2 trong 3 thông tin bạn cần trên kia rồi.
Mình để hình lên, bạn tự nhìn nhé! (Click vào hình để nhìn cỡ lớn)

vtvdung đã viết:
Các anh chị làm ơn truyền lại tí kinh nghiệm cho tôi với. Kiến thức căn bản về sinh học của tôi gần như không có, thi sinh học tế bào và vi sinh vật mãi chưa qua


Đọc đoạn này của bạn nản quá. Kinh nghiệm thì có thể truyền, nhưng kiến thức fải tự tích tụ, không lấy đó làm lý do được.
Chúc bạn tiến bộ.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Chủ nhật 11/10/09 3:55 pm 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
vtvdung đã viết:
mình chỉ chưa có kinh nghiệm bằng cách đọc sẵn trong file PDB, hay là sử dụng một phần mềm nào đó (SPDBV, Pymol, Jmol, WinMGM...
Đọc trực tiếp trong file PDB cũng được nhưng phải nhớ các tag trong định dạng PDB để hiểu nó nói gì. Cách này mệt hơn so với đọc trực tiếp trên web nếu bạn là "end user".
Còn nếu bạn dùng PDB file làm "input data" cho các phần mềm (khi programing bên IT) thì dĩ nhiên phải đọc đầy đủ thông tin về protein từ PDB file.

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Hiển thị những bài viết cách đây:  Sắp xếp theo  
Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 4 bài viết ] 

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Ai đang trực tuyến?

Đang xem chuyên mục này: Không có thành viên nào đang trực tuyến2 khách


Bạn không thể tạo chủ đề mới trong chuyên mục này.
Bạn không thể trả lời bài viết trong chuyên mục này.
Bạn không thể sửa những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể xoá những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể gửi tập tin đính kèm trong chuyên mục này.

Tìm kiếm với từ khoá:
Chuyển đến:  
cron
POWERED_BY
Vietnamese language pack for phpBB 3.0.x download and support.