Nhà Sinh Học Trẻ

Diễn Đàn của những Bạn Trẻ yêu thích Sinh Học
Hôm nay, Thứ bảy 15/08/20 2:31 am

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Nội quy chuyên mục


Không gởi bài xin tài liệu trong chuyên mục này (xem chuyên mục "Tài liệu theo yêu cầu")



Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 5 bài viết ] 
Người gửi Nội dung
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 11/01/08 2:08 am 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành

Ngày tham gia: Thứ tư 07/03/07 1:41 am
Bài viết: 207
Các anh chị cho em hỏi
Khi cần so sánh hai protein với mục tiêu phát hiện domain đảo (dạng translocation trong genome), sử dụng pp nào tốt hơn Global hay Local alignment?

_________________
on my way ...!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 11/01/08 3:40 pm 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
alex đã viết:
Các anh chị cho em hỏi
Khi cần so sánh hai protein với mục tiêu phát hiện domain đảo (dạng translocation trong genome), sử dụng pp nào tốt hơn Global hay Local alignment?
Để tìm kiếm, nhận diện những đoạn trình tự protein đặc biệt (đã biết) trên một trình tự lớn, genome hoặc database thì dùng local alignment sẽ nhanh và chính xác.
Nếu so sánh hai (hay nhiều) trình tự (thường là tương đương kích thước, vd cùng gene) để tìm những vùng trình tự giống nhau (bảo tồn) giữa hai (hay nhiều) trình tự người ta thường dùng global alignment.

atuan không rõ mục tiêu của alex là gì. Nhưng nếu "chỉ có 2 trình tự" và đã biết motif trình tự domain cần tìm là gì thì có thể làm theo một trong hai cách sau:
- Dùng global alignment để xác định những trình tự giống nhau, rồi xem xét nó có giống motif của mình không.
- Dùng local alignment giữa trình tự domain đã biết với từng trình tự protein để xác định chúng có chứa domain mình cần không.

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 11/01/08 11:51 pm 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành

Ngày tham gia: Thứ tư 07/03/07 1:41 am
Bài viết: 207
Thực ra thì em chỉ đang học về lý thuyết thôi - Trong các problems tụi em được giao có một câu hỏi là:
Assume you have 1 protein with 2 domains E...A and you want to align it against a protein with domains A B C D E. What would you do? Global? Local? Penalties?

Em nghĩ, nếu dùng Global alignment, có thể nhìn thấy được motif đảo của 2 domain trong Dynamic Programming matrix (với scoring cho match cực lớn chẳng hạn). Nhưng nếu máy làm và cái mình nhận được là score và alignment between 2 proteins thì em không chắc nó có thể chỉ ra được domain đảo giữa AE và EA.
Còn nếu dùng Local alignment, chỉ một trong 2 domain sẽ được align well thôi.

Vậy nên em mới chẳng biết thực ra nên làm sao :?

_________________
on my way ...!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ hai 14/01/08 1:51 am 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
Trong thực tế cũng phải lần mò làm thử + xem kết quả và người dùng nhận biết thôi. Nhiều khi nó không theo quy tắc nào.

Trong trường hợp của ABCDE aligment với E...A thì:
1. Dùng local aligment trước, xác định được các domain A, E. Vùng giữa E và A có thể phát hiện sự tương đồng giữa các domain khác là B, C, D (nếu có).
2. Nhận xét thấy thứ tự các domain trong trình tự 2 domain là E(D)(C)(B)A -> có thứ tự ngược nhau -> giả thuyết đảo đoạn. Xong :)

Nếu dùng global alignment thì chỉ phát hiện domain C tương đồng ở hai trình tự. Alex có thể kiếm chứng lại bằng cách làm 2 trình tự ví dụ rồi thực hiện alignment kiểm tra. Lưu ý là kết quả phụ thuộc nhiều vào đặc điểm (độ dài, thứ tự) của trình tự.

Có mấy tool online có thể dùng để thử: http://molbiol-tools.ca/Alignments.htm

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ hai 14/01/08 3:27 am 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành

Ngày tham gia: Thứ tư 07/03/07 1:41 am
Bài viết: 207
Em cảm ơn anh Tuấn nha - Em đã làm thử rồi. Với một vài ví dụ thấy Local alignment cho kết quả nhìn ra được motif của domain đảo, còn global alignment thì ... nát bét ^_^.
nhưng đúng là chưa thể rút ra kết luận tổng quát.
Chắc sẽ thảo luận một chút cho câu trả lời vậy :) .

_________________
on my way ...!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Hiển thị những bài viết cách đây:  Sắp xếp theo  
Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 5 bài viết ] 

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Ai đang trực tuyến?

Đang xem chuyên mục này: Không có thành viên nào đang trực tuyến2 khách


Bạn không thể tạo chủ đề mới trong chuyên mục này.
Bạn không thể trả lời bài viết trong chuyên mục này.
Bạn không thể sửa những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể xoá những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể gửi tập tin đính kèm trong chuyên mục này.

Tìm kiếm với từ khoá:
Chuyển đến:  
cron
POWERED_BY
Vietnamese language pack for phpBB 3.0.x download and support.