Nhà Sinh Học Trẻ

Diễn Đàn của những Bạn Trẻ yêu thích Sinh Học
Hôm nay, Thứ ba 11/08/20 1:10 pm

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Nội quy chuyên mục


Không gởi bài xin tài liệu trong chuyên mục này (xem chuyên mục "Tài liệu theo yêu cầu")



Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 26 bài viết ]  Chuyển đến trang Trang trước  1, 2
Người gửi Nội dung
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 10/01/08 11:39 pm 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
Không biết tình hình nghiên cứu của vitcocon đến đâu rồi, có khó khăn gì không. Xin lỗi là sau khi lo chuyển diễn đàn -> nghỉ lễ noel, năm mới -> vào năm mới phải lo viết bài báo gấp cho sếp. Nên không thu xếp được thời gian ngồi xuống viết protocol về phylogenetic tree-building theo đúng thời gian như đã hứa. Nếu vitcocon có thắc mắc gì thì cứ post lên, atuan sẽ cố giúp giải đáp trong quỹ thời gian cho phép.

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 11/01/08 10:02 am 
Ngoại tuyến
bacterium
bacterium

Ngày tham gia: Thứ tư 02/08/06 7:39 pm
Bài viết: 41
Em chưa làm gì hết vì em kiếm hoài mà hổng có tài liệu.

Mà anh atuan ơi, nếu mình có một trình tự protein, làm sao mình mô phỏng cấu trúc 3D của nó hả anh? với lại làm sao mình tính được tỷ lệ phần trăm giống nhau hả anh?


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 11/01/08 4:50 pm 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
vitcocon đã viết:
Em chưa làm gì hết vì em kiếm hoài mà hổng có tài liệu.

Mà anh atuan ơi, nếu mình có một trình tự protein, làm sao mình mô phỏng cấu trúc 3D của nó hả anh? với lại làm sao mình tính được tỷ lệ phần trăm giống nhau hả anh?
Cũng dễ thôi mà. Gởi em tài liệu thực tập bioinformatics dành cho SV ngành CNSH, Khoa Sinh - Trường ĐH KHTN Tp.HCM năm 2003. Trong đó có hướng dẫn một phần cách so sánh nhiều trình tự để xác định vùng bảo tồn, xây dựng cây phát sinh loài.

Có nhiều cách để dự đoán cấu trúc 3D của một trình tự protein. Đơn giản nhất là cách dùng công cụ online SWISS-MODEL. Nguyên tắc của phương pháp dự đoán này là trình tự protein của mình gởi lên được so sánh (alignment) với những trình tự của các cấu trúc đã biết trong cơ sở dữ liệu cấu trúc 3D của protein. Những trình tự nào giống nhất với trình tự của mình sẽ được dùng làm "bản mẫu" (template). Dựa trên bản mẫu (khuôn), chương trình sẽ dự đoán những vùng nào sẽ là helix, strand... trên trình tự của mình, rồi tạo thành trình tự 3D hoàn chỉnh. Những vùng nào không tương đồng với trình tự trong bản mẫu hay trong database, chương trình có thể không dự đoán được cấu trúc và mặc định nó là một vùng loop tự do.

Như vậy, cách dự đoán này chỉ cho kết quả chính xác khi trình tự của mình tương đối tương đồng với những trình tự đã có cấu trúc (khoảng trên 70% tương đồng), ví dụ những trình tự cùng một loại protein. Kết quả kém chính xác hoặc chương trình KHÔNG dự đoán được cấu trúc nếu trình tự của mình chỉ tương đồng khoảng <30% so với trình tự trong cơ sở dữ liệu. Vì vậy, nhiều dự đoán bằng swiss-model có thể không cho kết quả.

Tiến trình dự đoán tương tự hình minh họa: Hình ảnh
Xem: http://www.bioinfo.no/cookbook/structures/protein-structure-prediction/

Cách thực hiện dự đoán bằng Swiss-Model như sau:

1. Chuyển trình tự protein mình cần dự đoán về dạng FASTA.
2. Vào trang First Approach mode trong SWISS-MODEL.
3. Nhập vào trình tự protein của mình, email để nhận kết quả. Thông số "Options" có thể để mặc định nếu không biết.
4. Chọn "Submit modelling request" để thực hiện gởi trình tự dự đoán. Thường việc dự đoán có thể mất vài phút đến vài tiếng, tùy vào trình tự protein của mình.
5. Check email để nhận kết quả (nếu chương trình dự đoán được) dạng file PDB.
6. Dùng những phần mềm visualization (pymol, spdbv, rasmol) để xem kết quả cấu trúc 3D của protein dự đoán.

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ sáu 11/01/08 10:47 pm 
Ngoại tuyến
bacterium
bacterium

Ngày tham gia: Thứ tư 02/08/06 7:39 pm
Bài viết: 41
Em cám ơn anh atuan nghen. Em có tập tài liệu này lâu rồi, nhưng mừ thầy em bảo nó hổng có xài được để có thể nghiên cứu về cây tiến hóa, thầy bảo xây dựng cây tiến đâu có đơn giản vậy đâu, bởi vậy thầy mới bảo em là phải viết lại kỹ lưỡng để sau này mấy bạn sinh viên khác có thể tự xây dựng cây tiến hóa chứ.

Hu hu khó quá, em lang thang trên google mà chưa thấy tài liệu nào hết.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 12/01/08 12:04 am 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành

Ngày tham gia: Thứ tư 07/03/07 1:41 am
Bài viết: 207
hic, nghe bạn vitcocon nói mà .. chóng mặt ghê!
Tài liệu học của trường và hướng dẫn dùng phần mềm thông dụng nhất để xây dựng cây tiến hóa mà thầy bạn "phán" nghe ... mất hồn!
Bạn cứ thử tìm với từ khóa phylogenetic tree construction - đảm bảo sẽ ra cách "tự xây dựng" như thầy bạn muốn. Nhưng chắc chắn đó chỉ là chỉ ra nguyên tắc để hiểu thôi, chứ để làm người người vẫn dùng phần mềm thôi - vì nó được tự động hóa cho những việc tốn thời gian và công sức thế này mà :D
àh, đương nhiên nếu bạn muốn dùng nó với một vài trình tự ngắn hay xếp một số loài "chơi chơi" thì làm tay vẫn được.
ví dụ như trang này http://linneus20.ethz.ch:8080/5.html
Theo mình biết, có những pp như Hierarchical Clustering, Neighbor Joining... (ClustalX sử dụng pp Neighbor Joining).

_________________
on my way ...!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 12/01/08 12:36 am 
Ngoại tuyến
bacterium
bacterium

Ngày tham gia: Thứ tư 02/08/06 7:39 pm
Bài viết: 41
ý hổng phải vậy đâu. Thầy em nói nếu mình công bố bài báo mà chỉ có xài clustal là hổng có được đâu. Thầy em gợi ý là phài chú lý Paup rồi Phylip rồi MrBayse nè, nhiều lắm. Thầy còn nói phải chú ý đến boostrap, tỷ lệ đồng hoán, dị hoán, mô hình tiến hoá, hệ số gamma gì gì nữa, nhiều lắm mừ. Anh atuan có biết tài liệu nào giúp em hiểu về mấy thứ này không?

Thầy em bảo, tài liệu của trường chỉ đệ sinh viên làm quen khái niệm cây tiến hóa thôi chứ không xài được vô khoá luận tốt nghiệp đâu.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 12/01/08 11:31 am 
Ngoại tuyến
plant - active member
plant - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ năm 24/02/05 8:10 am
Bài viết: 184
Đến từ: BM Sinh Hóa
Hi, nghe ban Vitcocon lon ton gì đó nói mà bội thực quá,cái gì cũng có thời gian tìm hiểu chứ bạn , không thể một sớm một chiều mà hiểu hết nguyên tắc, công dụng cũng như cách xử lí của các chương trình đâu.
Trước đây Bầng tăng cũng lò dò tập làm về vấn đề này nhưng kết quả cũng không mấy khả quan cho lắm :D Nhưng có lời nhắn đến bạn là: muốn tìm những tài liệu chuyên sâu cho mình thì ít nhất mình phải có background vững cái đã, các tài liệu ở trường như bạn nói cũng giúp ích khá nhiều trong việc này đấy.
Bi giờ chương trình Blast trong NCBI cũng có xuất kèm kết quả treeview mấy Bác nhỉ.

_________________
u will when u believe


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 12/01/08 1:24 pm 
Ngoại tuyến
bacterium
bacterium

Ngày tham gia: Thứ tư 02/08/06 7:39 pm
Bài viết: 41
Thì tại vì hổng có tài liệu nào ở Việt Nam viết kỹ lưỡng về xây dựng cây tiến hóa nên thầy em mới bắt em làm chứ bộ.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ hai 14/01/08 5:04 am 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
vitcocon đã viết:
ý hổng phải vậy đâu. Thầy em nói nếu mình công bố bài báo mà chỉ có xài clustal là hổng có được đâu. Thầy em gợi ý là phài chú lý Paup rồi Phylip rồi MrBayse nè, nhiều lắm. Thầy còn nói phải chú ý đến boostrap, tỷ lệ đồng hoán, dị hoán, mô hình tiến hoá, hệ số gamma gì gì nữa, nhiều lắm mừ. Anh atuan có biết tài liệu nào giúp em hiểu về mấy thứ này không?

Thầy em bảo, tài liệu của trường chỉ đệ sinh viên làm quen khái niệm cây tiến hóa thôi chứ không xài được vô khoá luận tốt nghiệp đâu.
Đọc xong những trả lời của vitcocon atuan nghĩ:
1. Thầy của em nên xác định rõ hơn định hướng nghiên cứu là gì. Dữ liệu về đối tượng nghiên cứu đang có hiện nay ra sao (DNA hay protein, bao nhiêu mẫu, kích thước...). Để từ đó vạch ra kế hoạch giải quyết vấn đề, chọn lựa phương pháp nghiên cứu phù hợp. Không thể giải quyết một vấn đề khoa học với những hiểu biết sơ sài, chung chung và không có định hướng cụ thể.

2. atuan nghi ngờ về khả năng hiểu "ý nghĩa & nguyên lý hoạt động các phần mềm dùng trong phân tích di truyền" của thầy (của em) khi kết luận: "không xài được clustalx trong khóa luận hay trong bài báo khoa học". Giá trị của một bài báo khoa học là ý nghĩ kết quả của nó mang lại. Tùy theo yêu cầu của vấn đề khoa học đặt ra mà sử dụng phần mềm cho hợp lý. Thực tế clustalX đã được dùng trong rất nhiều bài báo khi so sánh tương đồng trình tự, một bước trong tiến trình xây dựng cây tiến hóa.

3. Thầy của em cũng phải cùng tìm hiểu vấn đề để đưa ra những định hướng giúp em tìm tài liệu thử phương pháp, thay vì chỉ "quăng" cho em một mục tiêu không rõ ràng rồi bắt em "tự bơi". Như vậy là không phù hợp với giáo dục, càng không đúng trong nghiên cứu khoa học.

4. Riêng đối với vitcocon, em cần đọc kỹ các tài liệu hướng dẫn cơ bản, tìm hiểu những khái niệm cơ bản trước (vd bài đọc bài viết trên SHVN về phylogeny của anh T.H. Dũng; hoặc thế nào là "phylogeny", thế nào là "phylogenetic tree"; phần mềm nào dùng cho trình tự DNA, protein). Sau đó tự làm thử với những tập mẫu số liệu nhỏ trước để thử nghiệm các phương pháp mình đã học. Vừa làm vừa ghi lại quy trình thực hiện, để đúc kết thành protocol như yêu cầu của thầy em. Hiện nay có rất nhiều phần mềm giúp thực hiện các bước trong xây dựng cây tiến hóa, mỗi phần mềm một thuật toán, cho ra một kết quả nên không biết phần mềm nào là tốt nhất (cái này tùy người dùng chọn - thườnh chọn phần mềm hay đăng trong các báo khoa học). Lưu ý một điều là kết quả xây dựng "phylogenetic tree" phụ thuộc vào hiểu biết của mình về trình tự (hay cụ thể là gene mục tiêu) chứ không phụ thuộc hoàn toàn vào phần mềm vì chính mình phải đánh giá lại kết quả cuối cùng xem có chính xác hay không.

Một quy trình hướng dẫn đơn giản để xây dựng phylogenetic tree, có thể xem qua để hiểu thêm về phương pháp:
Methods for constructing phylogenetic tree (by Chinh Hoang)

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ tư 20/05/09 5:38 pm 
Ngoại tuyến
coaserva
coaserva

Ngày tham gia: Thứ ba 17/02/09 2:21 pm
Bài viết: 10
Đến từ: IBT-VAST
Em cũng đang cần xây dựng một cây tiến hóa mà chưa biết cách làm cụ thể nào cho kết quả chính xác và dễ làm nhất. Đọc trên diễn đàn em có thấy anh atuan có "hứa" viết một protocol hoàn chỉnh về các bước xây dựng một cây tiến hòa mã chờ mãi không thấy đâu. Mong atuan hoặc các thành viên khác của NSHT giúp em được không? Cám ơn trước atuan và mọi người rất nhiều!
nếu có thể gửi luôn vào email cho em nhé: bacnv.ibt@gmail.com


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Gửi bàiĐã gửi: Thứ tư 27/05/09 9:09 pm 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
bacnv_ibt đã viết:
Em cũng đang cần xây dựng một cây tiến hóa mà chưa biết cách làm cụ thể nào cho kết quả chính xác và dễ làm nhất. Đọc trên diễn đàn em có thấy anh atuan có "hứa" viết một protocol hoàn chỉnh về các bước xây dựng một cây tiến hòa mã chờ mãi không thấy đâu. Mong atuan hoặc các thành viên khác của NSHT giúp em được không? Cám ơn trước atuan và mọi người rất nhiều!
nếu có thể gửi luôn vào email cho em nhé: bacnv.ibt@gmail.com
Giờ thì atuan thua rồi, quỹ thời gian hiện nay không cho phép atuan ngồi lựa chọn tài liệu và cặm cụi dịch qua tiếng Việt nữa (mà từ T.Việt chuyên môn cũng không rành). Nhưng quy trình để thực hiện thì nhiều vô số. Bạn tìm với cụm từ khóa "build a phylogenetic tree" là kết quả ra vô số quy trình, có hướng dẫn cơ bản các bước để thực hiện.

Bạn bacnv_ibt làm đọc và làm thử trước đi. Nếu có khó khăn thì lên đây hỏi tiếp. Nếu được thì atuan sẽ giúp tiếp. :)

Chúc bạn thành công!

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Hiển thị những bài viết cách đây:  Sắp xếp theo  
Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 26 bài viết ]  Chuyển đến trang Trang trước  1, 2

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Ai đang trực tuyến?

Đang xem chuyên mục này: Không có thành viên nào đang trực tuyến1 khách


Bạn không thể tạo chủ đề mới trong chuyên mục này.
Bạn không thể trả lời bài viết trong chuyên mục này.
Bạn không thể sửa những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể xoá những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể gửi tập tin đính kèm trong chuyên mục này.

Tìm kiếm với từ khoá:
Chuyển đến:  
cron
POWERED_BY
Vietnamese language pack for phpBB 3.0.x download and support.