Nhà Sinh Học Trẻ

Diễn Đàn của những Bạn Trẻ yêu thích Sinh Học
Hôm nay, Thứ ba 11/08/20 2:29 pm

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Nội quy chuyên mục


Không gởi bài xin tài liệu trong chuyên mục này (xem chuyên mục "Tài liệu theo yêu cầu")



Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 46 bài viết ]  Chuyển đến trang Trang trước  1, 2, 3, 4  Trang kế tiếp
Người gửi Nội dung
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 1:42 pm 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ bảy 01/10/05 11:24 am
Bài viết: 395
Đến từ: Neuroscience
Thank you!!!!
Nhưng 3p3n chưa trả lời câu hỏi của tôi ;) . PAM matrix và Blosum Matrix, 3p3n có nghe chưa? Và cách thức của chúng là quy tắc của matrix nào?
Kiến thức toán của brain có giới hạn nên discuss với 3p3n nhiều hơn! :D

_________________
My blog: http://360.yahoo.com/bcbaodk


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 1:52 pm 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ bảy 01/10/05 11:24 am
Bài viết: 395
Đến từ: Neuroscience
Trích dẫn:
[quote="pppnnn] Vấn đề là thế này:

Việc xác định các function của một protein nếu bằng cách phương pháp thực nghiệm (sinh/hóa học) là khá tốn kém (hình như để xác định được một chức năng của protein mới cần khoảng 200.000 EUR thì phải :?: )

Do đó, người ta tìm cách dựa trên các thông tin về những mối tương tác giữa các protein với nhau cùng với đã biết được chức năng của một số protein trong đó để có thể suy ra các chức năng của các protein còn lại (chưa biết).
Dĩ nhiên, nếu cách này tốt (độ tin cậy cao) thì sẽ giúp giảm thiểu chi phí để xác định các chức năng của các protein mới.

Đơn giản vậy thuiiiii

Nhưng làm cách nào để có thể suy luận được điều này thì ... nghĩ chưa ra :((

Thân ái

Đúng là sử dụng công cụ toán sẽ giải quyết vấn đề này, giảm chi phí và thời gian. Nhưng chắc không thể nào ước tính sai số, nhất là bản chất của 1 protein tương tác với các protein khác là vô cùng phức tạp, vì nó còn phụ thuộc vào yếu tố môi trường bên ngoài tác động nữa?
:D

_________________
My blog: http://360.yahoo.com/bcbaodk


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 2:03 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
brain đã viết:
Thank you!!!!
Nhưng 3p3n chưa trả lời câu hỏi của tôi ;) . PAM matrix và Blosum Matrix, 3p3n có nghe chưa? Và cách thức của chúng là quy tắc của matrix nào?
Kiến thức toán của brain có giới hạn nên discuss với 3p3n nhiều hơn! :D


PAM Matrix (Point Accepted Mutation) chỉ là cách tổ chức dữ liệu để dùng trong BLAST algorithm (Basic Local Alignment Search Tool), chắc Brain biết BLAST algorithm rùi chứ? ;)
Tôi không làm với BLAST vì BLAST là giải thuật dựa trên tính chất Alignment chứ không phải dùng PPI.
Cách này đã cũ rồi. Hiện nay pp mới là người ta dựa trên PPI để làm

Blosum Matrix cũng tương tự như PAM Matrix thuiiii

Để hiểu rõ hơn về PAM, Brain đọc bài dưới đây này nhé, nếu vẫn còn "ấm ức" thì trao đổi tiếp nhé ;)

PAM

Thân 8:)

P.S: Nhân tiện cho hỏi nhé ;) Alignment dịch ra tiếng Việt thì bên bio gọi là gì? Tôi chỉ hiểu nghĩa thuiii, còn dịch cho đúng từ dân sinh học VN dùng thì.... pó tay!!!!


Sửa lần cuối bởi pppnnn vào ngày Thứ bảy 15/07/06 2:17 pm với 1 lần sửa trong tổng số.

Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 2:16 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
brain đã viết:
Nhưng chắc không thể nào ước tính sai số, nhất là bản chất của 1 protein tương tác với các protein khác là vô cùng phức tạp, vì nó còn phụ thuộc vào yếu tố môi trường bên ngoài tác động nữa?
:D


Tôi không đi tìm bản chất của việc tương tác, ở đây đó là giả thiết của bài toán, nghĩa là với các PPI đã có làm sao để xác định function of uncharacterist function proteins thuiii

Thân ái ;)


Sửa lần cuối bởi pppnnn vào ngày Thứ bảy 15/07/06 10:11 pm với 1 lần sửa trong tổng số.

Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 2:23 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
Nếu Brain quan tâm đến BLAST thì có hẳn nguyên một cuốn sách, cũng mỏng thuiiii, cỡ ... trên 300 trang :)), báo tôi biết, tôi sẽ gửi cho.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 2:29 pm 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ bảy 01/10/05 11:24 am
Bài viết: 395
Đến từ: Neuroscience
pppnnn đã viết:
Nếu Brain quan tâm đến BLAST thì có hẳn nguyên một cuốn sách, cũng mỏng thuiiii, cỡ ... trên 300 trang :)), báo tôi biết, tôi sẽ gửi cho.

Chị 3p3n share cho brain quyển đó nha! Thank you in advance! :);)

_________________
My blog: http://360.yahoo.com/bcbaodk


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 2:32 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
brain đã viết:
pppnnn đã viết:
Nếu Brain quan tâm đến BLAST thì có hẳn nguyên một cuốn sách, cũng mỏng thuiiii, cỡ ... trên 300 trang :)), báo tôi biết, tôi sẽ gửi cho.

Chị 3p3n chứ gửi cho brain! Thank you in advance! :)


Ok. Tôi sẽ gửi, có điều brain coi link này trước nhé: :evil:

http://www.nhasinhhoctre.com/forum/viewtopic.php?t=1661

:))


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 3:01 pm 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
Atuan cũng bận, thỉnh thoảng mới ghé vào những vấn đề "chuyên môn" một chút. 3p3n có thể giới thiệu 1 bài báo đang làm về bạn đang quan tâm được không. Đọc xong mới hiểu công việc đang làm, từ đó mới nảy sinh vấn đề thảo luận... Khoảng cách người làm IT và BIO còn lớn, cả hai bên cùng tích cực mới thu hẹp được. :)

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 9:49 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
atuan đã viết:
...3p3n có thể giới thiệu 1 bài báo đang làm về bạn đang quan tâm được không. Đọc xong mới hiểu công việc đang làm, từ đó mới nảy sinh vấn đề thảo luận...


Có rất nhiều bài báo xung quanh các vấn đề tôi đang làm, họ đưa ra nhiều giải thuật để giải quyết các bài toán biology, trong đó có bài toán tôi đang làm.

Đây là một bài như thế: Prediction of protein function using protein - protein interaction data

Còn đây là abstract của bài này, nếu đọc xong mà thấy thích atuan có thể vào link sau để lấy toàn bộ bài báo:

Assigning functions to novel proteins is one of the most important problems in the postgenomic era. Several approaches have been applied to this problem, including the analysis of gene expression patterns, phylogenetic profiles, protein fusions, and protein-protein interactions. In this paper, we develop a novel approach that employs the theory of Markov random fields to infer a protein's functions using protein-protein interaction data and the functional annotations of protein's interaction partners. For each function of interest and protein, we predict the probability that the protein has such function using Bayesian approaches. Unlike other available approaches for protein annotation in which a protein has or does not have a function of interest, we give a probability for having the function. This probability indicates how confident we are about the prediction. We employ our method to predict protein functions based on "biochemical function," "subcellular location," and "cellular role" for yeast proteins defined in the Yeast Proteome Database (YPD, http://www.incyte.com), using the protein-protein interaction data from the Munich Information Center for Protein Sequences (MIPS, mips.gsf.de). We show that our approach outperforms other available methods for function prediction based on protein interaction data. The supplementary data is available at www-hto.usc.edu/~msms/ProteinFunction

Địa chỉ lấy bài báo này

Thân ái;


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 9:55 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
atuan đã viết:
... Khoảng cách người làm IT và BIO còn lớn, cả hai bên cùng tích cực mới thu hẹp được. :)


Điều này trước đây thì đúng nhưng trên thế giới giờ cũng đã thay đổi rồi, người làm IT và làm bio đã xích lại gần nhau hơn rồi. Vì hầu hết các bài báo này do vài người tham gia chung, trong đó có cả dân IT và dân bio đấy ;)
Chắc chỉ còn đúng ở VN thuiii :((


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 10:01 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
Và đây là một bài khác nè:

The analysis between functions and densities in yeast intercomplex protein-protein interactions

Abstract:

Proteins play important roles in the body of an organism. To understand the dynamics of the proteins leads to know the rules of life.
Protein-protein interactions (PPI) are analyzed in yeast Saccharomyces cerevisiae [1-3]. It shows that the proteins, whose numbers of nteractions are middle (that is called “Central proteins”), are densely interacting within them [4]. Central proteins are essential for making protein-complexes, functional units [5]. We focused on omplex-complex interactions (CCI). We quantified the amount of intercomplex PPI and investigated the relationship between link density and complex function


Link của bài báo


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 10:03 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
atuan có thể dùng google với các keyword như PPI, KDD, etc để tìm thêm các bài khác mà bạn muốn xem nhé.
Nhiều lém, không giới thiệu hết nổi đâu :)
Thân ái;


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 10:07 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
brain đã viết:
pppnnn đã viết:
Nếu Brain quan tâm đến BLAST thì có hẳn nguyên một cuốn sách, cũng mỏng thuiiii, cỡ ... trên 300 trang :)), báo tôi biết, tôi sẽ gửi cho.

Chị 3p3n share cho brain quyển đó nha! Thank you in advance! :);)


Còn cái tôi hỏi sao chưa thấy brain chỉ giùm nhỉ? :o
Alignment dịch ra tiếng Việt thì bên bio gọi là gì????


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 10:37 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ ba 22/02/05 8:17 pm
Bài viết: 375
pppnnn đã viết:

Alignment dịch ra tiếng Việt thì bên bio gọi là gì????


Hì, cho chen ngang 1 tí, có những thuật ngữ vi dụ như Protocol hay Alignment hay gì gì đó không nên cứ phải dịch ra tiếng việt. Thật ra đây là 1 điều đau lòng cho tất cả những nhà "pha học" của VN nhưng tạm thời thế đã.

Unigreifswald là dân ngoại đạo về lĩnh vực Bioinformatics này, có chăng thì thi thoảng dùng nó tí xíu cho công việc của mình thôi. Có 1 4rum tin sinh học rất hay http://www.tinsinhhoc.org/ (không biết có đúng không nhưng mà mấy tên Admin của 4rum này quảng cáo dữ quá) 3p3m vào đấy duyệt thử đi.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 10:46 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
unigreifswald đã viết:
... có những thuật ngữ vi dụ như Protocol hay Alignment hay gì gì đó không nên cứ phải dịch ra tiếng việt. Thật ra đây là 1 điều đau lòng cho tất cả những nhà "pha học" của VN nhưng tạm thời thế đã.


Đành rằng thế, trong lĩnh vực CS cung thế thuiii, nhưng vì tôi là khi tôi làm về cái này khi người ta hỏi (nhất là khi dân bio chơi cắc cớ) mà mình không trả lời được người ta lại bảo chưa biết i tờ gì về bio mà dám làm thì.... cũng kẹt lém :))


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Hiển thị những bài viết cách đây:  Sắp xếp theo  
Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 46 bài viết ]  Chuyển đến trang Trang trước  1, 2, 3, 4  Trang kế tiếp

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Ai đang trực tuyến?

Đang xem chuyên mục này: Không có thành viên nào đang trực tuyến2 khách


Bạn không thể tạo chủ đề mới trong chuyên mục này.
Bạn không thể trả lời bài viết trong chuyên mục này.
Bạn không thể sửa những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể xoá những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể gửi tập tin đính kèm trong chuyên mục này.

Tìm kiếm với từ khoá:
Chuyển đến:  
POWERED_BY
Vietnamese language pack for phpBB 3.0.x download and support.