Nhà Sinh Học Trẻ

Diễn Đàn của những Bạn Trẻ yêu thích Sinh Học
Hôm nay, Thứ bảy 15/08/20 2:38 am

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Nội quy chuyên mục


Không gởi bài xin tài liệu trong chuyên mục này (xem chuyên mục "Tài liệu theo yêu cầu")



Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 46 bài viết ]  Chuyển đến trang 1, 2, 3, 4  Trang kế tiếp
Người gửi Nội dung
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ ba 11/07/06 8:44 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
atuan đã viết:
Đùa một chút nhé: Theo pppnnn thì tương tác protein có ý nghĩa gì trong sinh học? :)


Không biết atuan thuộc chuyên ngành nào, nhưng tôi thì xuất thân từ Toán, sau đó chuyển sang CS, còn biology chỉ là tay ngang thuiiiii ;)
Vì thế hiểu biết của tôi về bio còn hạn chế nhiều :(
Nếu sự hiểu của tôi chưa đủ - và chưa đúng - mọi người góp ý giùm nhé :P
Theo hiểu biết của tôi, một cách ngắn gọn thì thông qua PPI (Protein Protein Interaction) các protein thực hiện các chức năng của nó.
Mà protein thì thực hiện nhiều loại chức năng lắm như: trao đổi chất (Metabolism), tạo năng lượng (Energy), Giao tiêp (Communication), etc...
Đó, hiểu biết của tôi về vai trò của PPI chỉ có thế thuiii :)

Trích dẫn:
Rất hoan nghênh dự án nghiên cứu của bạn 3p3n. Nếu có điều kiện, bạn 3p3n giới thiệu nên thêm về đề tài của bạn, chắc chắn sẽ có những trao đổi và phản hồi tích cực. Trong forum này có 2 thành viên becon và sakura cũng khá rành về bioinformatics. :)


Đề tài của tôi đơn giản lém: do các protein chỉ tương tác vói các protein cùng chức năng nên dựa trên cơ sở các PPI đã có, và trong đó cũng đã có các protein đã biết chức năng nên từ đó có thể suy ra chức năng cho các protein còn lại.
Dĩ nhiên, cần phải xét đến độ tin cậy của giải thuật đó -> chính xác bao nhiêu %?
Ai có hứng thú về vấn đề này có thể trao đổi nhé :P
Thân ái


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ ba 11/07/06 9:05 pm 
Ngoại tuyến
god - active member
god - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 12:20 am
Bài viết: 977
Đến từ: Uni. Stuttgart, Germany
Bạn 3p3n sử dụng PPI database nào?

_________________
atuan


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ ba 11/07/06 9:10 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
atuan đã viết:
Bạn 3p3n sử dụng PPI database nào?


Lúc đầu mình định dùng MIPS nhưng sau đó thì mình chọn DIP - http://dip.doe-mbi.ucla.edu/ - do DIP cập nhật nhiều hơn.
Ngoài ra, mình còn dùng với Swissprot database - http://www.expasy.org/sprot/ - để trích lọc các protein đã biết chức năng


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Lực tương tác giữa các protein
Gửi bàiĐã gửi: Thứ tư 12/07/06 3:36 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
Theo tôi được biết, giữa hai protein khi tương tác với nhau có một lực tương tác được gọi là equilibrium dissociation constant, ký hiệu là K.

Tuy nhiên, trong các database như Swissprot, BIND, etc. đều không thấy có thông số này.

Các bạn có ai biết có database nào có lưu trữ các thông số này của protein không?

Thankssssss


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ tư 12/07/06 6:29 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 7:30 pm
Bài viết: 388
Hì hì, đúng là nhà tin học hỏi chuyện về sinh học có khác :D

Mà ký hiệu equilibrium dissociation constant là K cũng chưa chính xác đâu bạn ơi. K thì mông lung vô kể, từ Km cho đến Ki, Kd, vvv :o Cái này ký hiệu là Kd.
Sự tương tác giữa một protein nào đó với các protein khác nhau là hoàn toàn khác nhau, phụ thuộc vào vô số yếu tố (dùng từ đao to búa lớn cho bạn ấy sợ :mrgreen:) --> Khó mà có database cho bạn được. Nếu bạn quan tâm đến tương tác giữa 2 protein cụ thể nào đó thì chịu khó tìm đọc bài báo thực nghiệm có khảo sát giá trị này.

Thân.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ tư 12/07/06 11:56 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
ginko đã viết:
Hì hì, đúng là nhà tin học hỏi chuyện về sinh học có khác :D

Mà ký hiệu equilibrium dissociation constant là K cũng chưa chính xác đâu bạn ơi. K thì mông lung vô kể, từ Km cho đến Ki, Kd, vvv :o Cái này ký hiệu là Kd.
Sự tương tác giữa một protein nào đó với các protein khác nhau là hoàn toàn khác nhau, phụ thuộc vào vô số yếu tố (dùng từ đao to búa lớn cho bạn ấy sợ :mrgreen:) --> Khó mà có database cho bạn được. Nếu bạn quan tâm đến tương tác giữa 2 protein cụ thể nào đó thì chịu khó tìm đọc bài báo thực nghiệm có khảo sát giá trị này.

Thân.


Thankssssss ;)

Nhân tiện cho hỏi chữ protocol bên sinh học dịch ra tiếng Việt là gì?
Tôi chỉ biết dịch theo nghĩa bên CS thuiiiiiiiii :P


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 13/07/06 2:12 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Chủ nhật 06/03/05 11:25 pm
Bài viết: 760
Trích dẫn:
Nhân tiện cho hỏi chữ protocol bên sinh học dịch ra tiếng Việt là gì?
Trong sinh học dịch là "quy trình". "Thảo luận một hồi" với thằng bạn học CNTT của SV thì nó đồng ý là chữ này gần nghĩa với "procedure" trong tin học.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 13/07/06 6:04 pm 
Ngoại tuyến
bacterium
bacterium

Ngày tham gia: Thứ bảy 23/07/05 11:25 pm
Bài viết: 57
Đến từ: NUNC
Trích dẫn:
Lúc đầu mình định dùng MIPS nhưng sau đó thì mình chọn DIP - http://dip.doe-mbi.ucla.edu/ - do DIP cập nhật nhiều hơn.
Mình thấy phần news cập nhật lần cuối năm 2004. Không biết dữ liệu có tiếp tục cập nhật đến 2006 không?

_________________
nunc


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ năm 13/07/06 6:09 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
SV đã viết:
Trích dẫn:
Nhân tiện cho hỏi chữ protocol bên sinh học dịch ra tiếng Việt là gì?
Trong sinh học dịch là "quy trình". "Thảo luận một hồi" với thằng bạn học CNTT của SV thì nó đồng ý là chữ này gần nghĩa với "procedure" trong tin học.


Thankssssss

Trong CS thì protocol phải hiểu là giao thức nghĩa là cách thức giao tiếp giữa hai máy tính hoặc giữa hai chương trình thông qua môi trường mạng :((

Thế mới khổ khi làm việc một ngành lại phải đọc tài liệu của ngành khác mà có từ giống chuyên ngành mình, nhưng nghĩa thì khác một trời một vực :)


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 1:17 am 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
Không có bạn nào có hứng thú với bài toán này hết à? :?: :o


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 2:26 am 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Chủ nhật 06/03/05 11:25 pm
Bài viết: 760
pppnnn đã viết:
Không có bạn nào có hứng thú với bài toán này hết à? :?: :o
Khó chết, không hiểu nổi nên không.. hứng thú :D


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 10:36 am 
Ngoại tuyến
Người điều hành
Người điều hành
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ bảy 01/10/05 11:24 am
Bài viết: 395
Đến từ: Neuroscience
pppnnn đã viết:
Không có bạn nào có hứng thú với bài toán này hết à? :?: :o

Hứng thú chứ anh 3p3n...nhưng brain thích đặt câu hỏi hơn, vì kiến thức về toán để giải những vấn đề sinh học là có hạn. :o
Ví dụ, khi khảo sát sự tương tác của 1 protein A, với rất nhiều protein ứng cử viên X,Y,Z... Nhưng để phân tích và lựa chọn sự tương tác nào, thì brain có nghe nói về thuật toán PAM matrix và Blosum matrix, không biết nó như thế nào và có phải nó là công cụ tốt để giải quyết bài toán trên, 3p3n?
Hoặc ma trận cơ bản nào để giải quyết vấn đề này cho những trường hợp khác như tính sự đa hình của gene, hoặc protein?

_________________
My blog: http://360.yahoo.com/bcbaodk


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 12:55 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
SV đã viết:
pppnnn đã viết:
Không có bạn nào có hứng thú với bài toán này hết à? :?: :o
Khó chết, không hiểu nổi nên không.. hứng thú :D


Dễ hiểu thí mồ :))
Vấn đề của bài toán rất dễ hiểu, chỉ khó ở chỗ tìm ra được giải pháp để giải mới khó thuiiiiiiiii ;)
Suy nghĩ mấy tháng rồi chưa có lời giải tốt đó (hơn nửa năm rùiiii :(( )

Vấn đề là thế này:

Việc xác định các function của một protein nếu bằng cách phương pháp thực nghiệm (sinh/hóa học) là khá tốn kém (hình như để xác định được một chức năng của protein mới cần khoảng 200.000 EUR thì phải :?: )

Do đó, người ta tìm cách dựa trên các thông tin về những mối tương tác giữa các protein với nhau cùng với đã biết được chức năng của một số protein trong đó để có thể suy ra các chức năng của các protein còn lại (chưa biết).
Dĩ nhiên, nếu cách này tốt (độ tin cậy cao) thì sẽ giúp giảm thiểu chi phí để xác định các chức năng của các protein mới.

Đơn giản vậy thuiiiii

Nhưng làm cách nào để có thể suy luận được điều này thì ... nghĩ chưa ra :((

Thân ái


Sửa lần cuối bởi pppnnn vào ngày Thứ bảy 15/07/06 1:39 pm với 1 lần sửa trong tổng số.

Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 1:06 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
brain đã viết:
..., vì kiến thức về toán để giải những vấn đề sinh học là có hạn. :o


Kiến thức nào có hạn? Hì hì, hổng rõ ràng nên hổng hiểu?
Ý Brain là bản thân kiến thức có giới hạn hay toán học ứng dụng trong sinh học là có giới han? :o

brain đã viết:
Ví dụ, khi khảo sát sự tương tác của 1 protein A, với rất nhiều protein ứng cử viên X,Y,Z... Nhưng để phân tích và lựa chọn sự tương tác nào, thì brain có nghe nói về thuật toán PAM matrix và Blosum matrix, không biết nó như thế nào và có phải nó là công cụ tốt để giải quyết bài toán trên, 3p3n?
Hoặc ma trận cơ bản nào để giải quyết vấn đề này cho những trường hợp khác như tính sự đa hình của gene, hoặc protein?


Hiện có nhiều thuật toán để giải quyết chuyện này nhưng chưa có cái nào thực sự tối ưu cả. Vì thế mới có problem này được post lên đây để thảo luận nì ;)
Ma trận thì chắc chăn phải dùng rồi, còn dùng ma trận nào thì.... đang suy nghĩ :((

Nếu bạn biết những thông tin / tính chất nào giữa việc tương tác của 2 protein - mà phải có lưu trữ ở các CSDL như DIP, MIPS, BIND. etc nhé, nếu không cũng chẳng dùng được đâu vì chưa số hóa - thì nói cho tôi biết với nhé.

Thanksssssssss


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết:
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 15/07/06 1:35 pm 
Ngoại tuyến
Chuyên gia
Chuyên gia

Ngày tham gia: Thứ hai 10/07/06 11:09 pm
Bài viết: 363
nunc đã viết:
Mình thấy phần news cập nhật lần cuối năm 2004. Không biết dữ liệu có tiếp tục cập nhật đến 2006 không?


Database của DIP cập nhật rất nhanh và thường xuyên, hiện tại là đến 04/2006, lần trước kế đó là 01/2006.

Swissprot còn cập nhật thường xuyên hơn, 2 tuần/lần nhưng Swissprot chỉ có thông tin về protein, gene, etc... thuiii, không có thông tin về PPI.

Trong các CSDL về PPI mà tôi biết thì DIP cập nhật nhiều nhất và hiện nay có số lượng các cặp PPI nhiều nhất đó.
(Hổng biết còn database nào khác có nhiều hơn nữa không?? :o )

Có điều với DIP nunc phải tạo một account (free thuiii) mới lấy về được

Thân ái


Sửa lần cuối bởi pppnnn vào ngày Thứ bảy 15/07/06 1:46 pm với 2 lần sửa trong tổng số.

Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Hiển thị những bài viết cách đây:  Sắp xếp theo  
Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 46 bài viết ]  Chuyển đến trang 1, 2, 3, 4  Trang kế tiếp

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Ai đang trực tuyến?

Đang xem chuyên mục này: Không có thành viên nào đang trực tuyến2 khách


Bạn không thể tạo chủ đề mới trong chuyên mục này.
Bạn không thể trả lời bài viết trong chuyên mục này.
Bạn không thể sửa những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể xoá những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể gửi tập tin đính kèm trong chuyên mục này.

Tìm kiếm với từ khoá:
Chuyển đến:  
cron
POWERED_BY
Vietnamese language pack for phpBB 3.0.x download and support.