Nhà Sinh Học Trẻ

Diễn Đàn của những Bạn Trẻ yêu thích Sinh Học
Hôm nay, Chủ nhật 20/10/19 5:55 am

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Nội quy chuyên mục


- Thảo luận về lý thuyết sinh học phân tử cơ bản & sinh học tế bào. Xin đừng nhầm lẫn với các phương pháp thực nghiệm hóa sinh.
- Không gởi bài xin tài liệu trong chuyên mục này (xem chuyên mục "Tài liệu theo yêu cầu")



Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 10 bài viết ] 
Người gửi Nội dung
 Tiêu đề bài viết: Nguyên lý giải trình tự DNA
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 05/01/08 8:52 am 
Ngoại tuyến
bacterium
bacterium
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ sáu 14/12/07 6:43 am
Bài viết: 47
:o Mọi người cho em hỏi một vấn đề nhỏ nhé! Em là tân sinh viên nên đọc sách cũng chưa được nhiều.hôm trước em có đọc tài liệu về xác định trình tự DNA (phương pháp sanger) thì em không hiểu vấn đề sau: Nguyên tắc của phương pháp là tổng hợp sợi DNA bổ sung. Dựa vào qui luật khi các ddNTP gắn vào chuỗi mới thì chuỗi sẽ không kéo dài được nữa. Như vậy tạo sao lại có những đoạn DNA có độ dài khác nhau được.
Em ví dụ: ở ống có ddATP, khi tổng hợp đoạn DNA mới cứ thấy T đầu tiên thì A gắn vào mạch, mạch không kéo dài được.Đoạn DNA tiếp theo cũng đến tại vị trí đó thì dừng lại, tạo sao lại có những đoạn DNA khác nhau vậy mọi người? Mong mọi người chỉ giúp em với!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: trình tự DNA
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 05/01/08 3:16 pm 
Ngoại tuyến
bacterium
bacterium

Ngày tham gia: Thứ ba 01/03/05 10:43 pm
Bài viết: 48
Em thử đọc kỹ lại hoặc xem kỹ hình chú thích lại xem mỗi ống dNTP dùng trong pp Sanger có gì đặc biệt nhé! ;)

_________________
come what may!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: trình tự DNA
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 05/01/08 10:11 pm 
Ngoại tuyến
bacterium
bacterium
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ sáu 14/12/07 6:43 am
Bài viết: 47
Mong sư huynh chỉ dùm đệ với chứ sách đệ đã đọc kỹ rồi, không rõ nên mới hỏi mọi người. Huynh trả lời vậy đệ chịu thua luôn.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Nguyên lý giải trình tự DNA
Gửi bàiĐã gửi: Chủ nhật 06/01/08 6:20 pm 
Ngoại tuyến
plant - active member
plant - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 7:31 pm
Bài viết: 152
Đến từ: Rừng Quốc Gia
namphuong84 đã viết:
:o Mọi người cho em hỏi một vấn đề nhỏ nhé! Em là tân sinh viên nên đọc sách cũng chưa được nhiều.hôm trước em có đọc tài liệu về xác định trình tự DNA (phương pháp sanger) thì em không hiểu vấn đề sau: Nguyên tắc của phương pháp là tổng hợp sợi DNA bổ sung. Dựa vào qui luật khi các ddNTP gắn vào chuỗi mới thì chuỗi sẽ không kéo dài được nữa. Như vậy tạo sao lại có những đoạn DNA có độ dài khác nhau được.
Em ví dụ: ở ống có ddATP, khi tổng hợp đoạn DNA mới cứ thấy T đầu tiên thì A gắn vào mạch, mạch không kéo dài được.Đoạn DNA tiếp theo cũng đến tại vị trí đó thì dừng lại, tạo sao lại có những đoạn DNA khác nhau vậy mọi người? Mong mọi người chỉ giúp em với!
Có 2 nguyên tắc cần nhớ để hiểu pp Sanger:

1. Nồng độ thành phần dideoxynucleotide (ddNTP) trong từng ống thấp hơn 4 loại nucleotide (dNTP) bình thường, nên xác suất dideoxynucleotide gắn vào thấp hơn loại bình thường. Vd hình minh họa phản ứng trong ống có ddGTP bên dưới: thông thường G được gắn vào, thỉnh thoảng mới có G gắn vào và sự tổng hợp dừng lại. -> Xác suất mỗi vị trí trên trình tự nhận ddNTP là giống nhau vì xác xuất này phụ thuộc vào nồng độ ddNTP trong hỗn hợp.

2. Tưởng tượng trong tube phản ứng là một hỗn hợp với rất rất nhiều phản ứng tổng hợp đơn xảy ra ngẫu nhiên, cái trước cái sau liên tục tiếp nối không ngừng cho đến khi phản ứng kết thúc (không đồng thời bắt đầu kết thúc chính xác như trong hình minh họa), sẽ giúp hình dung vấn đề dễ dàng hơn.

Mở rộng thêm chút (thích thì đọc): chiều dài đoạn DNA giải trình tự thường chỉ khoảng vài trăm nucleotide (vd khoảng 800 nu) -> số lượng nucleotide mỗi loại trên trình tự cũng khoảng 800/4=200 (giả thuyết một trường hợp lý tưởng) -> theo xác suất, tại mỗi vị trí sẽ có sự lặp lại việc gắn một loại ddNTP -> như vậy, số vạch xuất hiện trong mỗi loại tube chứa ddATP/ddTTP/ddGTP/ddCTP cũng khoảng xấp xỉ 200 vạch -> kết quả: hàng triệu triệu bản sao sau PCR tron mỗi tube được chia đều thành 200 vạch khi thực hiện điện di => đủ số lượng để phát hiện & đọc kết quả.

Hình ảnh

Có thể đọc thêm về pp Sanger ở đây

_________________
Mr. deer


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Nguyên lý giải trình tự DNA
Gửi bàiĐã gửi: Thứ hai 07/01/08 6:14 pm 
Ngoại tuyến
chaos

Ngày tham gia: Thứ hai 31/12/07 8:36 pm
Bài viết: 3
Có thể có những đoạn DNA có độ dài như nhau nhưng cũng có những đoạn có độ dài khác nhau em à. Vì ngoài những ddNTP đặc biệt được bổ sung vào còn có những ddNTP bình thường để kéo dài mạch. Ví dụ như khi mạch tổng hợp đến trình tự A nó có thể gắn với A thường hoặc A đặc biệt:Nếu gắn vào A đặc biệt thì mạch đó sẽ lập tức dừng lại,nếu gắn vào A thường thì mạch đó tiếp tục tổng hợp cho đến trình tự tiếp theo thì quá trình đó lại lặp lại. Như vậy sản phẩm sau các phản ứng ta sẽ có những đoạn có chiều dài khác nhau mà trình tự cuối của các đoạn ấy tương ứng chính là trình tự các nu của mạch ta cần giải ban đầu. Tất nhiên để có kết quả hoàn tấ ta phải đem điện di sản phẩm, sau đó so sánh với các marker. Chúc em học tốt. Thân!


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Nguyên lý giải trình tự DNA
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 12/01/08 6:49 am 
Ngoại tuyến
bacterium
bacterium
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ sáu 14/12/07 6:43 am
Bài viết: 47
:-k cảm ơn mọi người đã trả lời nhưng nếu deer và ntnhan nói là có xác suất ddNTP được gắn vào chuỗi thì có thể xảy ra trường hợp là có những vị trí mà lẽ ra ddNTP phải gắn vào để ngừng tổng hợp chuỗi thì nó lại không vào mà cứ kéo dài mạch tiếp như vậy khi điện ra sẽ xác định trình tự của đoạn DNA không đúng.(thiếu mất Nu tại vị trí của ddNTP mà lẽ ra nó phải gắn vào).điều này phải giải thích thế nào đây.


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Nguyên lý giải trình tự DNA
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 12/01/08 2:45 pm 
Ngoại tuyến
plant - active member
plant - active member
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ hai 21/02/05 7:31 pm
Bài viết: 152
Đến từ: Rừng Quốc Gia
Không biết phần xác xuất thống kê bạn học có kỹ không. Deer đã giải thích "xác suất mỗi vị trí trên trình tự nhận ddNTP là giống nhau" (chữ tô đậm ở trên). Nghĩa là vị trí nhận ddGTP số 1, sẽ giống vị trí số 2, 3,... n.
Trường hợp bạn suy nghĩ chỉ xảy ra khi bạn dùng số lượng mẫu nhỏ, vì dụ lấy vài chục mẫu (vài chục bản sao) thì bạn sẽ thấy có trường hợp gắn vào vị trí 1, vị trí 6 nhưng không có trường hợp gắn vào vị trí 2,3,4,5...
Còn sau phản ứng PCR, có hàng triệu triệu bản sao tạo thành, tức số lượng mẫu lên đến con số hàng triệu. -> xác suất của từng vị trí gắn ddGTP sẽ bằng nhau -> số lượng bản sao ddGTP gắn vào vị trí 1 = số lượng gắn vào vị trí 2 = số lượng gắn vào vị trí 3 = .... = số lượng gắn vào vị trí n = (tổng số bản sao sau PCR)/n (tương đối theo lý thuyết) => các vạch điện di xuất hiện sẽ (khá) đồng đều.

_________________
Mr. deer


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Nguyên lý giải trình tự DNA
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 12/01/08 9:26 pm 
Ngoại tuyến
bacterium
bacterium
Hình đại diện của thành viên

Ngày tham gia: Thứ sáu 14/12/07 6:43 am
Bài viết: 47
Cảm ơn deer nhiều.bây giờ thì em đã hiểu...


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Nguyên lý giải trình tự DNA
Gửi bàiĐã gửi: Thứ bảy 27/02/10 5:58 pm 
Ngoại tuyến
chaos

Ngày tham gia: Thứ bảy 27/02/10 10:21 am
Bài viết: 1
Giải trình tự tự động (sequencing) trên máy chủ yếu tuân thủ theo các bước cơ bản như sau:
1) Chạy PCR để khuếch đại gen hoặc đoạn ADN mong muốn từ hệ gen của sinh vật.
2) Làm sạch sản phẩm PCR thu được, thường là dùng kit.
3) Chạy phản ứng Sequencing theo kit hỗ trợ của từng hãng bán máy.
4) Làm sạch sau phản ứng Sequencing có thể bằng cồn theo phương pháp truyền thống hoặc bằng Kit của hãng.
5) Chạy giải trình tự trên máy giải trình tự.
Mỗi khâu lại có quy trình hướng dẫn riêng. Hiện ở Phòng tôi (Phòng thí nghiệm trọng điểm, Viện Chăn nuôi, Hà nội) có hai máy giải trình tự ABI-3130CEQ-8000 . Chúng tôi đã làm nhiều về SequencingMicrosattlite trên hai máy này. Bạn có thể liên hệ với chúng tôi để hiểu biết thêm.

Thực tế việc giải trình tự với số lượng mẫu ít là rất tốn kém. Hiện tại ở một số nơi có dịch vụ giải thuê, chi phí khoảng 300k cho một trình tư giải một chiều. Nhưng có thể chất lượng không được tốt lắm do khâu làm sạch cuối cùng sau phản ứng Sequencing thường làm bằng cồn, (khâu này đã được hãng cải tiến và sử dụng bằng kit). Bạn có thể gửi đi Hàn Quốc (như Microgen). Giá giải trình tự một chiều là 5$ cộng với 2$ làm sạch PCR, bạn phải support PCR tối thiểu 50µl và phải làm khô trong quá trình vận chuyển, cộng với chi phí vận chuyển thêm vào.

Hiện ở chỗ chúng tôi thường giải trình tự trên máy ABI-3130, có sử dụng kit làm sạch sau phản ứng sequencing lên chất lượng đã được kiểm định là như của Microgen. (kết quả đã được chứng nhận bởi Viện INRA -France). Ai có nhu cầu hoàn toàn có thể liện hệ với chúng tôi để được hỗ trợ về mặt kĩ thuật và làm dịch vụ. Hiện ở Phòng chúng tôi mỗi mẫu giải trình tự một chiều với giá khoảng 250k, giá thành sẽ giảm nếu số lượng mẫu của các bạn lớn.

Người liên hệ : Ths. Trần Xuân Toàn
email: trantoan2711@gmail.com
mobile: 0988262855

Ảnh hai máy giải trình tự tự động hiện có tại phòng Trọng điểm Công nghệ tế bào động vật, Viện chăn nuôi.

Hình ảnh Hình ảnh


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
 Tiêu đề bài viết: Re: Nguyên lý giải trình tự DNA
Gửi bàiĐã gửi: Thứ ba 07/06/11 12:47 am 
Ngoại tuyến
virus
virus

Ngày tham gia: Thứ hai 05/05/08 10:43 pm
Bài viết: 17
Đến từ: hvqy
trantoan2711 đã viết:
Giải trình tự tự động (sequencing) trên máy chủ yếu tuân thủ theo các bước cơ bản như sau:
1) Chạy PCR để khuếch đại gen hoặc đoạn ADN mong muốn từ hệ gen của sinh vật.
2) Làm sạch sản phẩm PCR thu được, thường là dùng kit.
3) Chạy phản ứng Sequencing theo kit hỗ trợ của từng hãng bán máy.
4) Làm sạch sau phản ứng Sequencing có thể bằng cồn theo phương pháp truyền thống hoặc bằng Kit của hãng.
5) Chạy giải trình tự trên máy giải trình tự.
Mỗi khâu lại có quy trình hướng dẫn riêng. Hiện ở Phòng tôi (Phòng thí nghiệm trọng điểm, Viện Chăn nuôi, Hà nội) có hai máy giải trình tự ABI-3130CEQ-8000 . Chúng tôi đã làm nhiều về SequencingMicrosattlite trên hai máy này. Bạn có thể liên hệ với chúng tôi để hiểu biết thêm.

Thực tế việc giải trình tự với số lượng mẫu ít là rất tốn kém. Hiện tại ở một số nơi có dịch vụ giải thuê, chi phí khoảng 300k cho một trình tư giải một chiều. Nhưng có thể chất lượng không được tốt lắm do khâu làm sạch cuối cùng sau phản ứng Sequencing thường làm bằng cồn, (khâu này đã được hãng cải tiến và sử dụng bằng kit). Bạn có thể gửi đi Hàn Quốc (như Microgen). Giá giải trình tự một chiều là 5$ cộng với 2$ làm sạch PCR, bạn phải support PCR tối thiểu 50µl và phải làm khô trong quá trình vận chuyển, cộng với chi phí vận chuyển thêm vào.

Hiện ở chỗ chúng tôi thường giải trình tự trên máy ABI-3130, có sử dụng kit làm sạch sau phản ứng sequencing lên chất lượng đã được kiểm định là như của Microgen. (kết quả đã được chứng nhận bởi Viện INRA -France). Ai có nhu cầu hoàn toàn có thể liện hệ với chúng tôi để được hỗ trợ về mặt kĩ thuật và làm dịch vụ. Hiện ở Phòng chúng tôi mỗi mẫu giải trình tự một chiều với giá khoảng 250k, giá thành sẽ giảm nếu số lượng mẫu của các bạn lớn.

Người liên hệ : Ths. Trần Xuân Toàn
email: trantoan2711@gmail.com
mobile: 0988262855

Ảnh hai máy giải trình tự tự động hiện có tại phòng Trọng điểm Công nghệ tế bào động vật, Viện chăn nuôi.

Hình ảnh Hình ảnh



Xin cho thuongtham hỏi là hai máy này tính năng giải trình tự có gì khác nhau mà phải mua cả hai máy vậy?


Đầu trang
 Xem thông tin cá nhân  
 
Hiển thị những bài viết cách đây:  Sắp xếp theo  
Tạo chủ đề mới Gửi bài trả lời  [ 10 bài viết ] 

Thời gian được tính theo giờ UTC + 7 Giờ


Ai đang trực tuyến?

Đang xem chuyên mục này: Không có thành viên nào đang trực tuyến1 khách


Bạn không thể tạo chủ đề mới trong chuyên mục này.
Bạn không thể trả lời bài viết trong chuyên mục này.
Bạn không thể sửa những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể xoá những bài viết của mình trong chuyên mục này.
Bạn không thể gửi tập tin đính kèm trong chuyên mục này.

Tìm kiếm với từ khoá:
Chuyển đến:  
cron
POWERED_BY
Vietnamese language pack for phpBB 3.0.x download and support.